一种基于单引物扩增反应的dna分子标记方法_2

文档序号:9231138阅读:来源:国知局
el5中的任意一种,引物序列 走向为5'端到3'端:
[0011] Mmel GAATTCCGGCGGCGATA(SEQ ID NO. 1)
[0012] Mme2 GAATTCCGGCGGCGATC(SEQ ID NO. 2)
[0013] Mme3 GAATTCCGGCGGCGATG(SEQ ID NO. 3)
[0014] Mme4 GAATTCCGGCGGCGAAC(SEQ ID NO. 4)
[0015] Mme5 GAATTCCGGCGGCGTGC (SEQ ID NO. 5)
[0016] Mme6 GAATTCCGGCGGCGTAC(SEQ ID NO. 6)
[0017] Mme7 GAATTCCGGCGGCGTCG(SEQ ID NO. 7)
[0018] Mme8 GAATTCCGGCGGCGTGA(SEQ ID NO. 8)
[0019] Mme9 GAATTCCGCCGCCGATA(SEQ ID NO. 9)
[0020] MmelO GAATTCGGCGGCGGATC(SEQ ID NO. 10)
[0021] Mmell ATCGATCGGCGGCGATC(SEQ ID NO. 11)
[0022] Mmel2 ATATATCGGCGGCGATA(SEQ ID NO. 12)
[0023] Mmel3 ATATATCGGCGGCGATC(SEQ ID NO. 13)
[0024] Mmel4 ATATATCGGCGGCGATG(SEQ ID NO. 14)
[0025] Mmel5 ATATATCGGCGGCGTCG(SEQ ID NO. 15)
[0026] 本发明中,所述的PCR反应程序为:94 °C预变性4min ;然后按94 °C变性30s, 45°C -55°C退火lmin,72°C延伸90s,总共35个循环;最后一步72°C延伸10min,4°C保存备 用。
[0027] 本发明中,所述扩增产物通过琼脂糖凝胶电泳分离,是指将PCR扩增产物通过琼 脂糖凝胶电泳分离后溴化乙锭(EB)染色,在凝胶成像系统下拍照、保存图像和记录结果。
[0028] 本发明中,所述单引物是指在一个PCR反应中只使用一条引物,一条引物过常规 PCR扩增,得到真核生物基因组中基因外显子结合位点间序列的PCR产物,从而检测单引物 在基因组中基因外显子区域中的两个结合位点间的多态性。本发明中,所述多态性主要来 自于以下二个方面:一是引物结合位点处的点突变造成的多态性;二是引物结合位点之间 序列插入、缺失及内含子长度差异引起的长度多态性。
[0029] 本发明的方法除具有操作简单、稳定性高、重复性好、数量丰富、特异性高、多态性 高、结果可靠等优点外,因提供的单引物设计是根据真核生物基因组中的基因外显子区域 富含GC碱基的原理来设计的,引物可以在真核生物间通用,大大减少了引物的合成费用, 也大大提高了引物的使用利用率,同时产生的多态性标记与基因外显子序列紧密连锁,为 功能型标记,可用于研宄真核生物的遗传多态性、亲缘关系、种质鉴定、遗传连锁图谱构建、 基因定位和分子标记辅助选择育种等。
[0030] 综上所述,由于采用了上述技术方案,本发明有益效果和优点在于:
[0031] 1.本发明中所提供的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记方法,虽然像 RAPD、ISSR-样,都是基于单引物扩增反应的,但该方法中所使用的单引物是根据真核生物 基因组中基因外显子区富含GC来设计的,PCR扩增时一条单引物可同时锚定结合在基因组 中的基因外显子区中的两个位点,产生的扩增产物包括外显子区甚至外显子临近的内含子 区,产生的多态性标记多来自于基因内多态性,与基因编码序列紧密相关,为功能型标记, 方便进行分子标记辅助选择育种。
[0032] 2.本发明中所提供的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记方法采用常规PCR 进行扩增,PCR扩增退火温度较高(45°C -55°C ),克服了 SRAP和TRAP标记技术因起始退 火温度较低(35°C)而较易产生假阳性的缺点,特异性高,扩增结果稳定可靠,从而克服了 SRAP和TRAP标记的缺陷。
[0033] 3.本发明中所提供的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记方法中,所使用 的单引物是根据真核生物基因组中的基因外显子区域富含GC碱基的原理来设计的,引物 可以在真核生物间通用,大大减少了引物的合成费用,也大大提高了引物的使用利用率;另 外,本发明中的引物只要根据所述原理来设计,就可以大批量设计,从而方便各种研宄。
[0034] 4.本发明中所提供的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记方法是建立在PCR 基础上的分子标记系统,操作简单高效、重复性好、数量丰富、特异性高、多态性高、结果可 靠、条带易于分离及可测序,不需使用同位素。
【附图说明】
[0035] 本发明将通过例子并参照附图的方式说明,其中:
[0036] 图1为本发明的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记技术示意图。
[0037] 图2为引物Mme4 (A)和Mme9⑶在16种花生材料中的扩增结果;其中M 为Marker,编号1到16分别为冷水大麻壳、瑶上小麻壳、临桂麻壳长腰、平乐子、 荔浦番鬼豆、资源花生、全县番鬼豆、全州方壳子、桂花17、桂花771、桂花836、桂花 1026、A. moticola (PI468199)、A. duranensis (PI262133)、A. duranensis (PI219823)、 A. ipaensis(PI ?)。
[0038] 图3为引物Mme8(A)和Mme9⑶在8份甘蔗材料中的扩增结果;其中M为Marker, 编号1到8分别为桂糖21号、新台糖22号、桂糖30号、桂糖31号、桂糖32号、桂糖34号、 桂糖35号、拔地拉。
[0039] 图4为引物Mme9(A)和MmelO(B)在11份玉米材料中的扩增结果;其中M为 Marker,编号1到11分别为正大619、兆丰788、桂单688、桂单591、兆丰688、桂单0810、桂 单589、云瑞88、玉美头105、南校9665、桂单901。
[0040] 图5为引物Mme2 (A)和Mme4⑶在9份马铃薯材料中的扩增结果;其中M为 Marker,编号1到9分别为中薯11号、中薯7号、中薯14号、费乌瑞它、中薯8号、冀张薯8 号、中薯13号、中薯6号、中薯17号。
[0041] 图6为引物Mme2 (A)和Mme7 (B)在16份菜心材料中的扩增结果;其中M为Marker, 编号1到16分别为特青60天粗条菜心、澳洲008全年油绿甜菜心、澳洲超级608、香港45 天油青甜菜心、名优308超冠甜菜心王、澳洲50短柄粗条菜心、桂柳十月柳叶菜心、菜兴利 国际新一代碧绿油菜心49、绿宝701、3-1菜心、3-6-1菜心、5-3菜心、5-4菜心、5-14菜心、 6-6菜心、6-6-1菜心。
[0042] 图7为引物Mme6 (A)和Mme7 (B)在4份真菌材料中的扩增结果;其中M为Marker, 编号1到4分别为镰刀菌、毛霉、曲霉、白僵菌。
[0043] 图8为引物Mmel (A)、Mme4⑶和Mmel4 (C)在不同材料中的扩增条带模式;其中M 为Marker,编号1到5分别为桂花1026、拔地拉、桂单688号、澳洲超级608和立枯丝核菌。
[0044] 其中,图2-图8中最左列M为DNA Marker的电泳条带,在此为DL2000,大小从上 而下依次为2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp和100bp,白色箭头所指的位置为该标记 在不同品种间表现为多态。
【具体实施方式】
[0045] 本发明的一种基于单引物扩增反应的DNA分子标记技术示意图见图1。该技术中 所使用的一条单引物是根据真核生物基因组中基因外显子区富含GC来设计的,PCR扩增 时,单引物可同时锚定结合在基因组中的基因外显子区中的两个位点,得到真核生物基因 组中基因外显子结合位点间序列的PCR产物,从而检测单引物在基因组中基因外显子区域 中的两个结合位点间的多态性。多态性主要来自于以下二个方面:一是引物结合位点处的 点突变造成的多态性;二是引物结合位点之间序列插入、缺失及内含子长度差异引起的
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