检测leber氏致病基因突变的方法,及其引物、试剂盒的制作方法_2

文档序号:9575266阅读:来源:国知局
物Primer L1μ1;
[0107]DNA模板Xμ1;
[010引灭菌蒸馈水20μ1---上述总体积;
[0109] PCR产物电泳:1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果;
[0110] 图1为PCR电泳图,1、4、7为11778位点扩增片段;2、5、8为11484位点扩增片段; 3、6、9为3460位点扩增片段。
[0111] 实施例2
[0112] 样本处理:取外周血2ml于邸TA抗凝管中,轻柔地颠倒混匀,4°C保存;
[0113]DNA提取,取220μ1抗凝血用试剂盒提取DNA,包括:
[0114] 1)加 220μ1BufferBL,震荡混合,于 70°C解育 10 分钟;
[011引。加220μ1无水乙醇震荡混合约20秒;
[011引 3) 12000巧m离屯、1分钟;
[0117] 4)取上清转入收集柱中,12000巧m离屯、2分钟;
[0118] 5)将收集柱置一个新的收集管上,加入500μ1皿solution,室溫放置5分钟;
[011引 6)12000巧m离屯、2分钟;
[0120] 7)加入 700μ1washBuffer, 12000巧m离屯、2 分钟;
[0121] 8)将收集柱置一个新的收集管上,加入700μ1washBuffer, 12000巧m离屯、2分 钟;
[012引 9)弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[0123] 10)将收集柱放入一个新的1. 5ml离屯、管内,加入50μ1 70°C预热的洗脱液,室 溫放置l-2min,12000巧m离屯、2分钟,滤液即为模板DNA;
[0124] PCR扩增
[0125] PCR反应体系:
[0126] 10XPCRBuffer2μ1 ;
[0127]HotStarTaqDNAPolymerase按kit标准调整;
[0128]dNTPmix2μ1 ;
[0129]上游引物PrimerU1μ1 ;
[0130]下游引物PrimerL1μ1 ;
[0131]DNA模板Xμ1 ;
[0132] 灭菌蒸馈水20μ1 ---上述总体积;
[0133]PCR产物电泳:1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果;
[0134]PCR产物纯化
[013引 每管内加入100μΙPCR-A液,混匀,转入纯化柱内,12000巧m离屯、2min;
[0136]弃收集管内液体,加入 700μ1washingbuffer, 12000巧m离屯、2min;
[0137]弃收集管内液体,加入 400μ1washingbuffer, 12000巧m离屯、2min;
[013引 弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[0139] 柱内加入30μ1 70°C预热洗脱液,12000巧m离屯、3min;
[0140] 测序反应
[014"反应体系:0. 8μ1Bi曲ye+1.5ylBi曲yeSeqBuffer+3yl引物+1μ1PCR纯 化产物+3. 5μ1 (1地20;
[0142] 测序PCR热循环条件:
[0143] 1)变性的条件,96°ClOsec;
[0144] 8)退火的条件,(首先96°ClOsec,其次50°C5sec,然后60°C4min)X25个循环;
[014引 9)延伸的条件,60°C4min;
[0146] 10)4°C保溫;
[0147] 每一步的时间应从反应混合液达到所要求的溫度后开始计算;
[014引测序产物纯化
[014引 10μ1反应体系,96孔板,酒精法;
[0150] 1)每管加入100μ1 100%酒精,然后震荡混匀,室溫放置15min;
[0151] 2) 10°C,4000巧m离屯、30min,马上倒置,1200巧m离屯、Imin;
[015引 3)每管加入100μl70%酒精,离屯、15min;5°C,3600巧m离屯、30min,马上倒置,1200巧m离屯、Imin;
[015引 4)室溫挥发净酒精,加入10μ1Hi-Di化rmamide溶解DNA;
[0154] 5) 95°C变性 5min,4°C保溫 4min,加样上机;
[015引 7)测序纯化:ABIBigdyeXTerminatorpurificationkit;
[0156] PCR检测,包括:
[0157] 1)对照孔的设立和检测重复孔:样本检测同时设有对照实验,包括阴性对照;对 照和样本均采用复孔.
[0158] 在LE邸R氏基因突变位点两端设计Ξ对特异性引物;
[0159] 所述引物是G11778A、T14484C和G3460A;
[0160] 所述引物G11778A的sense为:
[0161] 5' -TCAATCAGCCACATAGC-3',
[0162] 所述引物G11778A的antisense为:
[0163] 5' -GAGTTCTCCCAGTAGGTTA-3',
[0164] 所述T14484C的sense为:
[01巧]5' -CAGGGGTTGAGGTCTTG-3',
[0166] 所述T14484C的antisense为:
[0167] 日'-CGCCCATAATCATACAAA-3' ;
[0168] 所述G3460A的sense为:
[0169] 5'-CTAATGCTTACCGAACGA-3' ,
[0170] 所述G3460A的antisense为:
[0171] 5' -TGATGGCTAGGGTGACTT-3';
[017引所述引物PCR扩增出目的片段模板;
[0173] 所述目的片段的获取包括:W上述引物分别对人基因组DNA进行PCR扩增得到条 带单一的目的基因片段;将目的片段稀释至1万-10万倍,终浓度为10-2化g/μ1,作为检 测阴性对照用;
[0174] 2) 25μ1反应体系检测:
[0175] PmmixTaqPGRMasterMIX 12.5μL DNA.模板 i-iOng/μΙ PrimerU 终浓度为400nM PrimerL 终浓度为4(妨?Μ 灾菌蔡傭水 Upto25μ1
[0176] 混合均匀;所有样本混合完后,将ABIVeritiDxPCR系统仪器中进行程序性检 测;
[0177] 结果分析及判定:对PCR产物进行测序分析。
[0178] 所述PCR的反应条件:置ABI-2700型扩增仪中94°C预变性3min,94°C变性30sec, 51°C退火30sec,72°C延伸30sec,共循环35次。
[0179] 所述引物G11778A的扩增产物序列是:
[0180]
[0185] 上述扩增产物序列中字体加粗的位置为突变位点。
[0186] 实施例3
[0187] 样本处理:取外周血2ml于邸TA抗凝管中,轻柔地颠倒混匀,4°C保存;
[0188]DNA提取,取220μ1抗凝血用试剂盒提取DNA,包括:
[0189] 1)加 220μ1Buffer6以震荡混合,于70°C解育10分钟;
[0190] 2)加220 μ 1无水乙醇震荡混合约20秒;
[0191] 3) 12000巧m离屯、1 分钟;
[019引 4)取上清转入收集柱中,12000巧m离屯、2分钟;
[0193] 5)将收集柱置一个新的收集管上,加入500μ1皿solution,室溫放置5分钟;
[0194]6) 12000巧m离屯、2 分钟;
[019引 7)加入 700μ1washBuffer, 12000巧m离屯、2 分钟;
[0196] 8)将收集柱置一个新的收集管上,加入700μ1washBuffer, 12000巧m离屯、2分 钟;
[0197] 9)弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[0198] 10)将收集柱放入一个新的1. 5ml离屯、管内,加入50μ1 70°C预热的洗脱液,室 溫放置l-2min,12000巧m离屯、2分钟,滤液即为模板DNA;
[0199] PCR扩增
[0200] PCR反应体系:
[020" 10XPCRBuffer2μ1 ;
[020引HotStarTaqDNAPolymerase按kit标准调整;
[020引dNTP mix2μ1;
[0204]上游引物PrimerU1μ1;
[0205]下游引物PrimerL1μ1;
[0206]DNA模板Xμ1;
[0207] 灭菌蒸馈水20μ1 ---上述总体积;
[0208]PCR产物电泳:1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果;
[0209]PCR产物纯化
[0210] 每管内加入100μΙPCR-A液,混匀,转入纯化柱内,12000巧m离屯、2min ;
[0211] 弃收集管内液体,加入 700μ1washingbuffer, 12000巧m离屯、2min;
[021引 弃收集管内液体,加入400μ1washingbuffer,12000巧m离屯、2min;
[021引弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[0214] 柱内加入30μ1 70 °C预热洗脱液,12000巧m离屯、3min;
[0215] 测序反应
[021引 反应体系:0.8μ1Bi曲ye+1. 5μ1Bi曲yeSeqBuffer+3μ1 引物+1μ1PCR纯 化产物 +3. 5μ1dd&0 ;
[0217]测序PCR热循环条件:
[021引 1)变性的条件,96°ClOsec;
[0219] 11)退火的条件,(首先 96°ClOsec,其次 50°C5sec,然后 60°C4min)X25 个循环;
[0220] 12)延伸的条件,60°C4min;
[0221] 13)4°C保溫;
[0222] 每一步的时间应从反应混合液达到所要求的溫度后开始计算;
[0223] 测序产物纯化
[0224] 10μ1反应体系,96孔板,EDTA法;
[022引 1)每管加入1μ1 125mM邸ΤΑ到管底,室溫放置15min;
[022引 2)10°C,4000巧m离屯、30min,马上倒置,1200巧m离屯、Imin;
[0227] 3)每管加入100μΙ70%酒精,离屯、15min;5°C,3600巧m离屯、30min,马上倒置, 1200巧m离屯、Imin;
[022引 4)室溫挥发净酒精,加入10μ1Hi-Di化rmamide溶解DNA;
[0229] 5) 95°C变性 5min,4°C保溫 4min,加样上机;
[0230]8)测序纯化:ABIBigdyeXTerminatorpurificationkit;
[023U PCR检测,包括:
[0232] 1)对照孔的设立和检测重复孔:样本检测同时设有对照实验,包括阴性对照;对 照和样本均采用复孔;
[0233] 在LE邸R氏基因突变位点两端设计Ξ对特异性引物;
[0234]所述引物是G11778A、T14484C和G
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