检测leber氏致病基因突变的方法,及其引物、试剂盒的制作方法_3

文档序号:9575266阅读:来源:国知局
3460A;
[0235]所述引物G11778A的sense为:
[0236]5'-TCAATCAGCCACATAGC-3',
[0237]所述引物G11778A的antisense为:
[0238] 5'-GAGTTCTCCCAGTAGGTTA-3' ,
[0239]所述T14484C的sense为:
[0240] 5'-CAGGGGTTGAGGTCTTG-3' ,
[0241]所述T14484C的antisense为:
[0242] 5,-CGCCCATAATCATACAAA-3,;
[0243]所述G3460A的sense为:
[0244] 5'-CTAATGCTTACCGAACGA-3' ,
[0245]所述G3460A的antisense为:
[0246] 5'-TGATGGCTAGGGTGACTT-3' ;
[0247] 所述引物PCR扩增出目的片段模板;
[024引所述目的片段的获取包括:W上述引物分别对人基因组DNA进行PCR扩增得到条 带单一的目的基因片段;将目的片段稀释至1万-10万倍,终浓度为10-2化g/μ1,作为检 测阴性对照用;
[0249] 2) 25μ1反应体系检测:
[0巧0] PremixTaqPC民Masl:erMIX 12.5μ1 DMA模板 l-lOng/μΙ PrimerU 终浓度为400 ηΜ PrimerL 终浓度为400 nM 灭菌蒸傭水 Upto25μ1
[ο巧1] 混合均匀;所有样本混合完后,将ABIVeritiDxPCR系统仪器中进行程序性检 测;
[0252]结果分析及判定:对PCR产物进行测序分析。
[0巧3] 所述PCR的反应条件:置ABI-2700型扩增仪中94°C预变性3min,94°C变性30sec, 51°C退火30sec,72°C延伸30sec,共循环35次。。
[ο巧4] 实施例4
[Ο巧5] 样本处理:取外周血2ml于邸ΤΑ抗凝管中,轻柔地颠倒混匀,4°C保存;
[0巧6] DNA提取,取220μ1抗凝血用试剂盒提取DNA,包括:
[0巧7] 1)力日220 μ 1 Buffer BL震荡混合,于70°C解育10分钟;
[0巧引2)加220μ1无水乙醇震荡混合约20秒;
[0巧9] 3) 12000巧m离屯、1分钟;
[0260] 4)取上清转入收集柱中,12000巧m离屯、2分钟;
[0261] 5)将收集柱置一个新的收集管上,加入500μ1皿solution,室溫放置5分钟;
[026引 6) 12000巧m离屯、2分钟;
[026引7)加入 700μ1 wash Buffer,12000巧m离屯、2 分钟;
[0264] 8)将收集柱置一个新的收集管上,加入700μ1wash Buffer,12000巧m离屯、2分 钟;
[026引9)弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[0266] 10)将收集柱放入一个新的1. 5ml离屯、管内,加入50μ1 70°C预热的洗脱液,室 溫放置l-2min,12000巧m离屯、2分钟,滤液即为模板DNA;
[0267]PCR扩增
[026引 PCR反应体系:
[0269] 10XPCRBuffer2μ1;
[0270] HotStarTaq DNAPolymerase按kit标准调整;
[027。dNTPmix2";
[0272]上游引物PrimerU 1 μ1;
[0273]下游引物Primer L1 μ1 ;
[0274]DNA模板Xμ1 ;
[0275] 灭菌蒸馈水20μ1 ---上述总体积;
[0276]PCR产物电泳:1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果;
[0277] PCR产物纯化
[027引每管内加入100μ1PCR-A液,混匀,转入纯化柱内,12000巧m离屯、2min;
[0279]弃收集管内液体,加入700 μ1 washing buffer, 12000巧m离屯、2min;
[0280]弃收集管内液体,加入400 μ1 washing buffer, 12000巧m离屯、2min;
[02引]弃收集管内液体,12000巧m离屯、2min;
[028引柱内加入30 μ 1 70°C预热洗脱液,12000巧m离屯、3min;
[0283] 测序反应
[0284]反应体系:0. 8μ1Bi曲ye+1.5ylBi曲yeSeqBuffer+3yl引物+1μ1PCR纯 化产物+3. 5μ1 (1地2〇;
[028引测序PCR热循环条件:
[0286] 1)变性的条件,96°C lOsec;
[0287] 14)退火的条件,(首先96°C lOsec,其次50°C 5sec,然后60°C 4min) X 25个循环;
[028引 15)延伸的条件,60°C 4min;
[0289] 16)4°C保溫;
[0290] 每一步的时间应从反应混合液达到所要求的溫度后开始计算;
[0291] 测序产物纯化
[029引10μ1反应体系,96孔板,NaAc法;
[029引1)每管加入1μ1 3MNaAc到管底,然后震荡混匀,室溫放置15min;
[0294] 2) 10°C,4000巧m离屯、30min,马上倒置,1200巧m离屯、Imin;
[029引 3)每管加入100μl70%酒精,离屯、15min;5°C,3600巧m离屯、30min,马上倒置, 1200巧m离屯、Imin;
[0296] 4)室溫挥发净酒精,加入10μ1Hi-Di化rmamide溶解DM;
[0297] 5) 95°C变性 5min,4°C保溫 4min,加样上机;
[029引9)测序纯化:ABIBigdyeXTerminatorpurificationkit;
[029引 PCR检测,包括:
[0300] 1)对照孔的设立和检测重复孔:样本检测同时设有对照实验,包括阴性对照;对 照和样本均采用复孔.
[0301] 在LE邸R氏基因突变位点两端设计Ξ对特异性引物;
[0302]所述引物是G11778A、T14484C和G3460A;
[0303]所述引物G11778A的sense为:
[0304] 5'-TCAATCAGCCACATAGC-3' ,
[0305]所述引物G11778A的antisense为:
[0306] 5'-GAGTTCTCCCAGTAGGTTA-3' ,
[0307]所述T14484C的sense为:
[0308] 5'-CAGGGGTTGAGGTCTTG-3' ,
[0309]所述T14484C的antisense为:
[0310] 5'-CGCCCATAATCATACAAA-3';
[0311]所述G3460A的sense为:
[0312] 5'-CTAATGCTTACCGAACGA-3' ,
[0313]所述G3460A的antisense为:
[0314] 5' -TGATGGCTAGGGTGACTT-3';
[031引所述引物PCR扩增出目的片段模板;
[0引引所述目的片段的获取包括:W上述引物分别对人基因组DNA进行PCR扩增得到条 带单一的目的基因片段;将目的片段稀释至1万-10万倍,终浓度为10-2化g/μ1,作为检 测阴性对照用;
[0317] 。25 μ 1反应体系检测:
[031引 Premix.TaqPC民Mas记γΜΙΧ 12.5μ1 DNA模板 l-IOng/μΙ PrimerU 终浓度为400 πΜ PrimerL 终浓度为400 nM 灭菌蒸馈水 邮化25μ1
[0319] 混合均匀;所有样本混合完后,将ABIVeritiDxPCR系统仪器中进行程序性检 测;
[0320] 结果分析及判定:对PCR产物进行测序分析。
[0321] 所述PCR的反应条件:置ABI-2700型扩增仪中94°C预变性3min,94°C变性30sec, 51°C退火30sec,72°C延伸30sec,共循环35次。。
[032引优选地,PCR缓冲液中各物质的浓度分别为10-40mM Tris cl,50-200mM氯化钟化化),0-5.01111二硫苏糖醇值1'1'),0-1.01111乙二胺四乙酸二钢巧(邸了4),0-2.0%(¥/¥) 乙基苯基聚乙二醇(Nonidet)P-40,0-2. 0% (V/V)吐溫20灯ween20),30-70% (v/v)甘 油(glycerol),稳定剂(st油ilizer) :pH7. 0-10. 0(20°C)。优选浓度为20mM Tris cl、 lOOmM KCUlmM DTT、0.1 mM邸TA、0. 5% (V/V)Nonidet P-40、0. 5% (V/V)Tween20、50% glycerol (v/v),稳定剂,终抑值为9. 0。DM模板为用常规方法从患者抗凝全血中提取获 得的DNA。
[0323] 优选地,引物是单股寡脱氧核糖核巧酸。引物的合适长度取决于该引物的设计用 途,但在一般在15~25个核巧酸之间,较短的引物分子通常需要较低的溫度,从而与模板 形成充分稳定的杂交复合物。引物不必反应模板的准确序列,但必须充分互补,已与模板杂 交并引发DNA合成。
[0324] 优选地,引物设计遵循原则:第一,引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异 性。第二,产物不能形成二级结构。第Ξ,引物长度一般在15~30碱基之间。第四,G+C 含量在40%~60%之间。第五,碱基要随机分布。第六,引物自身不能有连续4个碱基的 互补。第屯,引物之间不能有连续4个碱基的互补。第八,引物5'端可W修饰。第九,弓I 物3'端不可修饰。第十,引物3'端要避开密码子的第3位。引物合成采用的方法为亚憐 酷胺Ξ醋法,将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的 3'端向5'端合成的,相邻的核巧酸通过3' - 5'憐酸二醋键连接。
[032引优选地,试剂盒包括:1)序列如沈Q ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO: 5和SEQ ID NO:6所示的引物;2)PCR反应体系;3)分隔并集中包装运些 试剂的瓶或管W及包装盒。
[0326] 优选地,所述引物的浓度为10ymol/L。
[0327] 优选地,所述试剂盒由PremixTaqPCRMasterMIX缓冲液,模板DNA,PrimerU, Primer以灭菌蒸馈水组成,各组份反应时终浓度为:
[032引 PremixTaqPC民MasterMLX 12.5μ1 DNA模板 1-lOng/μΙ PrimerU 终浓度为400 nM PrimerL 终浓度为400 πΜ 灭菌蒸馈水 Up?ο25μ!
[0329] 优选地,所述Premix Taq PCR MasterMIX缓冲液包括Tris. cl,氯化钟,硫酸锭,氯 化儀,-20°C下抑值在8. 0-9. 0之间。
[0330] 应用实施例1
[033。 取抗凝全血30例,样品由首都医科大学宣武医院提供,提取DM作为模板。使用 仪器:ABIVeritiDxPCR仪器分析,用
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