用于在移植受体中监测免疫抑制疗法的方法与流程

文档序号:12140415阅读:来源:国知局

技术特征:

1.用于监测对象体内的移植器官的状态的方法,所述方法包括:

a.提供来自样品的细胞游离DNA,其中所述样品取自作为来自供体的器官移植物的受体的对象;

b.对来自所述细胞游离DNA的单核苷酸多态性(SNPs)组进行测序,其中所述SNPs组适于区分源于供体的细胞游离DNA和源于受体的细胞游离DNA;

c.测定所述组中的SNP等位基因分布模式相对于预期纯合或杂合分布模式的差异,以确定所述源于供体的细胞游离DNA的水平;和

d.诊断所述对象体内的所述移植器官的状态,其中所述源自供体的细胞游离DNA在一段时间间隔内的水平变化或差异指示所述移植器官的状态。

2.用于在对象中监测免疫抑制疗法的方法,所述方法包括:

a.提供来自样品的细胞游离DNA,其中所述样品取自作为来自供体的器官移植物的受体的对象;

b.对来自所述细胞游离DNA的单核苷酸多态性(SNPs)组进行测序,其中所述SNPs组适于区分源于供体的细胞游离DNA和源于受体的细胞游离DNA;

c.测定所述组中的SNP等位基因分布模式相对于预期纯合或杂合分布模式的差异,以确定所述源于供体的细胞游离DNA的水平;和

d.诊断所述对象体内的移植器官的状态,其中所述源自供体的细胞游离DNA在一段时间间隔内的水平变化或差异,指示移植器官的状态,同时也是用于调节免疫抑制疗法的依据。

3.用于在对象中调节免疫抑制疗法的方法,所述方法包括:

a.提供来自样品的细胞游离DNA,其中所述样品取自作为来自供体的器官移植物的受体的对象;

b.对来自所述细胞游离DNA的单核苷酸多态性(SNPs)组进行测序,其中所述SNPs组适于区分源于供体的细胞游离DNA和源于受体的细胞游离DNA;

c.测定所述组中的SNP等位基因分布模式相对于预期纯合或杂合分布模式的差异,以确定所述源于供体的细胞游离DNA的水平;

d.诊断所述对象体内的移植器官的状态,其中所述源自供体的细胞游离DNA在一段时间间隔内的水平变化或差异指示移植器官的状态;

e.调节施加于所述对象的免疫抑制疗法。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,所述源于供体的细胞游离DNA在所述时间间隔期间的水平或差异增加表示移植排斥,需要调节免疫抑制疗法,和/或需要进一步检查所述移植器官的状态。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,所述源于供体的细胞游离DNA在所述时间间隔期间的水平或差异减小表示移植耐受,需要调节免疫抑制疗法,和/或需要进一步检查所述移植器官的状态。

6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,所述源于供体的细胞游离DNA在所述时间间隔期间的水平或差异不变表示移植排斥状态稳定和/或调节免疫抑制疗法的机会。

7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,增加给予所述对象的免疫抑制疗法。

8.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,降低给予所述对象的免疫抑制疗法。

9.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其特征在于,维持给予所述对象的免疫抑制疗法。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法,其特征在于,所述器官移植物为肾脏移植物。

11.根据权利要求1至9中任一项所述的方法,其特征在于,所述器官移植物为心脏移植物。

12.根据权利要求1至9中任一项所述的方法,其特征在于,所述器官移植物选自肝脏移植物、肺移植物和胰脏移植物。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法,其特征在于,所述样本为血浆样本。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法,其特征在于,所述SNPs组包括选自以下各项的独立SNPs:rs1004357,rs10092491,rs1019029,rs1027895,rs10488710,rs10500617,rs1058083,rs10768550,rs10773760,rs10776839,rs1109037,rs12480506,rs1294331,rs12997453,rs13134862,rs13182883,rs13218440,rs1336071,rs1358856,rs1410059,rs1478829,rs1490413,rs1498553,rs1523537,rs1554472,rs159606,rs1736442,rs1821380,rs1872575,rs2046361,rs2073383,rs214955,rs2175957,rs221956,rs2255301,rs2269355,rs2270529,rs2272998,rs2291395,rs2292972,rs2342747,rs2399332,rs2503107,rs2567608,rs279844,rs2811231,rs2833736,rs2920816,rs315791,rs321198,rs338882,rs3744163,rs3780962,rs4288409,rs430046,rs4364205,rs445251,rs4530059,rs4606077,rs464663,rs4789798,rs4796362,rs4847034,rs521861,rs560681,rs5746846,rs576261,rs590162,rs6444724,rs6591147,rs6811238,rs689512,rs6955448,rs7041158,rs7205345,rs722290,rs7229946,rs740598,rs7520386,rs7704770,rs8070085,rs8078417,rs891700,rs901398,rs9546538,rs9606186,rs985492,rs9866013,rs987640,rs9905977,rs993934和rs9951171。

15.根据权利要求1至13中任一项所述的方法,其特征在于,所述SNPs组包括具有>0.4的总群体次要等位基因频率、>0.4的目标群体次要等位基因频率、6个潜在等位基因转换或颠换的最低聚合酶错误率且各独立SNP之间的基因组距离>500kb的SNPs。

16.根据权利要求1至13中任一项所述的方法,其特征在于,所述SNPs组包括选自以下各项的独立SNPs:rs10488710,rs279844,rs1048290,rs1049379,rs1051614,rs1052637,rs1055851,rs1056033,rs1056149,rs1064074,rs1078004,rs10831567,rs6811238,rs11106,rs11210490,rs1126899,rs1127472,rs1127893,rs1130857,rs1049544,rs11547806,rs12237048,rs430046,rs12508837,rs12529,rs12717,rs13184586,rs13295990,rs13428,rs13436,rs1374570,rs14080,rs1411271,rs576261,rs14155,rs1151687,rs1565933,rs1600,rs1678690,rs1881421,rs1897820,rs1898882,rs2056844,rs20575,rs10092491,rs2070426,rs2071888,rs2075322,rs2180314,rs2185798,rs2227910,rs2228560,rs2229571,rs2229627,rs2245285,rs2342747,rs2248490,rs2253592,rs2254357,rs2275047,rs2279665,rs2279776,rs2281098,rs2287813,rs4364205,rs2289751,rs2289818,rs2292830,rs2294092,rs2295005,rs2296545,rs2297236,rs2302443,rs2306049,rs1022478,rs445251,rs230898,rs231235,rs2342767,rs236152,rs2362450,rs2384571,rs2455230,rs246703,rs2480345,rs248385,rs2498982,rs2505232,rs2509943,rs2519123,rs2523072,rs2571028,rs2657167,rs28686812,rs2946994,rs1294331,rs10419826,rs3088241,rs3110623,rs3173615,rs3190321,rs3205187,rs344141,rs35596415,rs362124,rs36657,rs1872575,rs159606,rs3731877,rs3734311,rs3735615,rs3740199,rs3748930,rs3751066,rs3790993,rs3802265,rs3803763,rs1004357,rs3803798,rs3809972,rs3810483,rs3812571,rs3813609,rs3814182,rs3816800,rs3826709,rs3829655,rs3951216,rs1019029,rs408600,rs41317515,rs436278,rs448012,rs475002,rs4845480,rs4849167,rs4865615,rs1027895,rs4890012,rs492594,rs4940019,rs4971514,rs523104,rs528557,rs545500,rs561930,rs57010808,rs57285449,rs10500617,rs6061243,rs609521,rs62490396,rs625223,rs638405,rs6459166,rs648802,rs6510057,rs6764714,rs10768550,rs6790129,rs6794,rs6807362,rs6838248,rs713598,rs7161563,rs726009,rs7289,rs7301328,rs7332388,rs10773760,rs743616,rs743852,rs745142,rs7451713,rs7526132,rs7543016,rs7601771,rs7785899,rs7825,rs8009219,rs10776839,rs8025851,rs8058696,rs8076632,rs8097,rs8103906,rs874881,rs9262,rs9289122,rs936019,rs9393728,rs1109037,rs977070,rs9865242,rs12480506,rs560681,rs12997453,rs13134862,rs13218440,rs1358856,rs1410059,rs1478829,rs1498553,rs1523537,rs4606077,rs1554472,rs1736442,rs1821380,rs2046361,rs214955,rs2175957,rs2255301,rs2269355,rs2270529,rs2272998,rs2291395,rs2292972,rs2399332,rs2503107,rs2567608,rs2811231,rs2833736,rs315791,rs321198,rs6955448,rs338882,rs3780962,rs4288409,rs4530059,rs464663,rs4789798,rs4796362,rs4847034,rs521861,rs1058083,rs5746846,rs590162,rs6444724,rs6591147,rs689512,rs7205345,rs722290,rs740598,rs7520386,rs221956,rs7704770,rs8070085,rs8078417,rs891700,rs901398,rs9546538,rs9606186,rs985492,rs9866013,rs987640,rs13182883,rs9905977,rs993934,rs9951171,rs10274334,rs10421285,rs1043413,rs1044010,rs1045248,rs1045644,和rs1047979。

17.根据权利要求16所述的方法,其特征在于,所述SNP组包括约195至约200个,约200至约205个,约210至约215个,约215至约220个,约220至约225个,约225至约230个,约230至约235个,约235至约240个,约240至约245个,约245至约250个,约250至约255个,约255至约260个,约260至约265个,或约260至约266个所述独立SNPs。

18.根据权利要求16或17所述的方法,其特征在于,所述SNP组包括rs10488710,rs279844,rs1048290,rs1049379,rs1051614,rs1052637,rs1055851,rs1056033,rs1056149,rs1064074,rs1078004,rs10831567,rs6811238,rs11106,rs11210490,rs1126899,rs1127472,rs1127893,rs1130857,rs1049544,rs11547806,rs12237048,rs430046,rs12508837,rs12529,rs12717,rs13184586,rs13295990,rs13428,rs13436,rs1374570,rs14080,rs1411271,rs576261,rs14155,rs1151687,rs1565933,rs1600,rs1678690,rs1881421,rs1897820,rs1898882,rs2056844,rs20575,rs10092491,rs2070426,rs2071888,rs2075322,rs2180314,rs2185798,rs2227910,rs2228560,rs2229571,rs2229627,rs2245285,rs2342747,rs2248490,rs2253592,rs2254357,rs2275047,rs2279665,rs2279776,rs2281098,rs2287813,rs4364205,rs2289751,rs2289818,rs2292830,rs2294092,rs2295005,rs2296545,rs2297236,rs2302443,rs2306049,rs1022478,rs445251,rs230898,rs231235,rs2342767,rs236152,rs2362450,rs2384571,rs2455230,rs246703,rs2480345,rs248385,rs2498982,rs2505232,rs2509943,rs2519123,rs2523072,rs2571028,rs2657167,rs28686812,rs2946994,rs1294331,rs10419826,rs3088241,rs3110623,rs3173615,rs3190321,rs3205187,rs344141,rs35596415,rs362124,rs36657,rs1872575,rs159606,rs3731877,rs3734311,rs3735615,rs3740199,rs3748930,rs3751066,rs3790993,rs3802265,rs3803763,rs1004357,rs3803798,rs3809972,rs3810483,rs3812571,rs3813609,rs3814182,rs3816800,rs3826709,rs3829655,rs3951216,rs1019029,rs408600,rs41317515,rs436278,rs448012,rs475002,rs4845480,rs4849167,rs4865615,rs1027895,rs4890012,rs492594,rs4940019,rs4971514,rs523104,rs528557,rs545500,rs561930,rs57010808,rs57285449,rs10500617,rs6061243,rs609521,rs62490396,rs625223,rs638405,rs6459166,rs648802,rs6510057,rs6764714,rs10768550,rs6790129,rs6794,rs6807362,rs6838248,rs713598,rs7161563,rs726009,rs7289,rs7301328,rs7332388,rs10773760,rs743616,rs743852,rs745142,rs7451713,rs7526132,rs7543016,rs7601771,rs7785899,rs7825,rs8009219,rs10776839,rs8025851,rs8058696,rs8076632,rs8097,rs8103906,rs874881,rs9262,rs9289122,rs936019,rs9393728,rs1109037,rs977070,rs9865242,rs12480506,rs560681,rs12997453,rs13134862,rs13218440,rs1358856,rs1410059,rs1478829,rs1498553,rs1523537,rs4606077,rs1554472,rs1736442,rs1821380,rs2046361,rs214955,rs2175957,rs2255301,rs2269355,rs2270529,rs2272998,rs2291395,rs2292972,rs2399332,rs2503107,rs2567608,rs2811231,rs2833736,rs315791,rs321198,rs6955448,rs338882,rs3780962,rs4288409,rs4530059,rs464663,rs4789798,rs4796362,rs4847034,rs521861,rs1058083,rs5746846,rs590162,rs6444724,rs6591147,rs689512,rs7205345,rs722290,rs740598,rs7520386,rs221956,rs7704770,rs8070085,rs8078417,rs891700,rs901398,rs9546538,rs9606186,rs985492,rs9866013,rs987640,rs13182883,rs9905977,rs993934,rs9951171,rs10274334,rs10421285,rs1043413,rs1044010,rs1045248,rs1045644和rs1047979。

19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法,其特征在于,对所述SNPs组的测序使用多重测序平台来执行。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法,其特征在于,对所述样本中的所述源于供体的细胞游离DNA的测定不使用基因型信息。

21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法,其特征在于,所述方法还包括测试感染剂的存在。

22.根据权利要求21所述的方法,其特征在于,所述感染剂选自病毒、细菌、真菌和寄生虫。

23.根据权利要求22所述的方法,其特征在于,所述病毒选自巨细胞病毒,Epstein-Barr病毒,指环病毒和BK病毒。

24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法,其特征在于,所述方法还包括进行一项或多项基因表达谱测试。

25.根据权利要求24所述的方法,其特征在于,基于所述源自供体的细胞游离DNA的水平的结果和所述基因表达谱测试的结果,计算联合评分。

26.根据权利要求24或25所述的方法,其特征在于,所述基因表达谱测试为AlloMap测试。

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