鸡受精持续时间性状相关的snp分子标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于家畜分子标记制备技术领域，具体设及4个与鸡受精持续时间性状相 关的SNP分子标记和运4个SNP构成的单倍型及其应用。
【背景技术】
[0002] 母鸡受精持续时间性状(一次人工授精后持续产受精蛋的天数）的差异直接影响 人工授精的频率和种公鸡的利用率。从而影响经济效益，是一个养鸡生产中的重要繁殖性 状。在种鸡生产中，人工授精频率是5天一次，每50只母鸡需要配备1只种公鸡。如果对该性 状进行选育，可W减少人工授精的频率，使人工授精的劳动力支出减少。还能使母鸡因人工 授精而受到的应激大大降低，提高种蛋合格率，减少因人工授精造成的受精率下降。同时还 能提高种公鸡的利用率，减少种公鸡的饲养量，节约成本。但是该性状度量起来比较麻烦， 需要单笼饲养、个体跟踪及经济投入大;很少有从遗传角度对该性状的报道。
[0003] 利用分子育种的手段来改善母鸡的繁殖性状是降低人工授精频率及提高种公鸡 利用率的有效途径之一。母鸡能够持续产受精蛋的生物学基础是在母鸡子宫和阴道的结合 部位化VJ)，存在由UVJ组织上皮内陷而形成的一种特殊管状结构组织一胆精管（SST)，SST 具有胆存并维持精子活性的功能。精子在SST中的胆存直接影响到母鸡持续受精时间。研究 发现，为了保证精子在SST内能够存活，母鸡在基因表达水平上做了一系列的调整。而影响 精子在SST中胆存的重要影响因素是SST对精子的免疫反应调控。转化生长因子及其受体基 因在人工受精后的子宫阴道结合部组织中高效表达，尤其是TGFB3基因在输精前后的表达 水平呈现显著变化，TGFBs基因家族具有广泛的生物学功能，如调控细胞增殖、分化和迁移 等，同时有报道其在调控雌性生殖道细胞因子的分泌和免疫应答反应中具有局部免疫抑制 作用。推测TGFB3基因的表达会抑制该处T-细胞和B-细胞对精子的免疫应答(精子对母鸡子 宫而言可被视为一种外源物质），从而保证精子能够胆存在SST中（Das,2006)，TGFB3基因可 作为与母鸡受精持续时间性状相关的候选基因。
[0004] W下工作受国家自然科学基金项目资助，项目名称"鸡胆精能力差异相关新基因 的筛选及其分子机制初探"，项目批准号:31372301。
【发明内容】
[0005] 本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供4个与鸡受精持续时间性状相关的 SNP分子标记和运4个SNP构成的单倍型及其应用。本发明运用全基因组关联分析的方法寻 找与鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记及单倍型，W此作为鸡受精持续时间性状相 关的SNP分子标记及单倍型在标记辅助选择中的应用。
[0006] 本发明通过W下技术方案实现：
[0007] -种鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记，其特征在于:所述鸡受精持续时间 性状相关的SNP分子标记是在鸡TGFB3 (transforming growth factor-盼）基因的第一内含 子中的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记。
[0008] 作为优选，本发明所提供的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记的核巧酸序 列是沈Q ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3或沈Q ID N0:4;
[0009] 所述鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID NO: 1时，所述SEQ ID NO: 1的核巧酸序列是：
[0010] TCCTCTGCCTCAGGCCAGAACAGCTTGGCTCCCTAGTGCCGGCCCCAGCRTTCGGTGCAAGGCCACAGGTGAGAGGG AGGAGATCCCATACTTTGCTCCA；
[OCm] 所述SEQ ID N0:1的序列中第50位的碱基R是C或T，导致多态性；
[0012] 所述鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID N0:2时，所述SEQ ID NO: 2的核巧酸序列是：
[0013] GGATCCCTCCACCAGCAGAGAAGCCCTGACCCTTCTGCTTAAGTCCCTTRGCAGAGTTGTTCCTCTGACTGTCGCAG TACAGTACAGTTGGTGTTAATCC;
[0014] 所述SEQ ID NO:2的序列中第50位的碱基R是A或G，导致多态性；
[0015] 所述鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID N0:3时，所述SEQ ID NO: 3的核巧酸序列是：
[0016] TTATTGGAAAAGAAATGTTTGCTTTCAGTGTTCCTTTCATCAGCAATTCRGTGGGGACAGTTCCTGGCACCTTTAGC ACAGGTGCTCATCTGGAGTTTGG；
[0017]所述SEQ ID N0:3的序列中第50位的碱基R是T或C，导致多态性；
[0018] 所述鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID N0:4时，所述SEQ ID NO: 4的核巧酸序列是：
[0019] ACCTTTAGCACAGGTGCTCATCTGGAGTTTGGTTGGAACTCTTGGCGTCRGCGGGCAAGATAAGGTCTGGTTCAGGT TTGGAAGCGGTTTCTGGCCATGC；
[0020] 所述SEQ ID N0:4的序列中第50位的碱基R是T或C，导致多态性。
[0021] 上述的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记构成一个单倍型。
[0022] 上述的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记单独或组合使用在鸡受精持续时 间性状检测中的应用。
[0023] 基于如前所述的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在 于:所述方法包括W下步骤：
[0024] 1)实验样品采集；
[0025] 所述实验样品是试验鸡血样；
[0026] 2)鸡受精持续时间性状的测定：
[0027] 测量一次人工受精后试验鸡持续产受精蛋的天数，重复测量Ξ次，取Ξ次所测结 果的平均值，作为该试验鸡受精持续的时间；
[0028] 3)鸡基因组DNA的提取与检测：
[0029] 采用苯酪-氯仿法从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，再用凝胶电泳判断DNA的完 整性;对提取后的DNA进行质量检测；
[0030] 4)基因型判定及基因型与鸡受精持续时间的关联分析：
[0031] 将试验鸡血样中提取的基因组DNA，采用PCR和限制性内切酶片段长度多态性的方 法，对试验鸡进行基因型分析，利用SPSS 19统计分析软件进行描述性统计分析，将试验鸡 受精持续时间性状与TGFB3基因型进行关联分析。
[0032] 本发明的优点是：
[0033] 本发明运用关联分析的方法对TGFB3基因的进行了多态研究和关联分析，并首次 在鸡TGFB3基因的第一内含子找到鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记，该SNP分子标 记具体设及4个与母鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记和由运4个SNP构成的单倍型 定位及应用。该SNP分子标记由关联分析得到，其核巧酸序列如SEQ ID N0:l-4所示。本发明 所提供的分子标记及单倍型可用于鸡受精持续时间的分子育种中。
【附图说明】
[0034] 图1是本发明的技术流程图；
[0035] 图2利用化ploview软件对SNP进行连锁不平衡分析结果。
【具体实施方式】
[0036] 本发明提供了一种鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记，该鸡受精持续时间 性状相关的SNP分子标记是在鸡TGFB3 (transforming growth factor-盼）基因的第一内含 子中的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记。
[0037] 本发明所提供的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记的核巧酸序列是SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3或沈Q ID N0:4;
[003引当鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID NO: 1时，SEQ ID NO: 1的核 巧酸序列是：
[0039] TCCTCTGCCTCAGGCCAGAACAGCTTGGCTCCCTAGTGCCGGCCCCAGCRTTCGGTGCAAGGCCACAGGTGAGAGGG AGGAGATCCCATACTTTGCTCCA；
[0040] SEQ ID NO: 1的序列中第50位的碱基R是C或Τ，导致多态性；
[0041 ]当鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID NO:2时，SEQ ID NO:2的核 巧酸序列是：
[0042] GGATCCCTCCACCAGCAGAGAAGCCCTGACCCTTCTGCTTAAGTCCCTTRGCAGAGTTGTTCCTCTGACTGTCGCAG TACAGTACAGTTGGTGTTAATCC;
[0043] SEQ ID NO:2的序列中第50位的碱基R是A或G，导致多态性；
[0044] 当鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID NO:3时，SEQ ID NO:3的核 巧酸序列是：
[0045] TTATTGGAAAAGAAATGTTTGCTTTCAGTGTTCCTTTCATCAGCAATTCRGTGGGGACAGTTCCTGGCACCTTTAGC ACAGGTGCTCATCTGGAGTTTGG；
[0046] SEQ ID N0:3的序列中第50位的碱基R是Τ或C，导致多态性；
[0047]当鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记是SEQ ID N0:4时，SEQ ID N0:4的核 巧酸序列是：
[004引 ACCTTTAGCACAGGTGCTCATCTGGAGTTTGGTTGGAACTCTTGGCGTCRGCGGGCAAGATAAGGTCTGGTTCAGGT TTGGAAGCGGTTTCTGGCCATGC；
[0049] SEQ ID N0:4的序列中第50位的碱基R是T或C，导致多态性。
[0050] 鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记构成一个单倍型。
[0051] 鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记单独或组合使用在鸡受精持续时间性状 检测中的应用。
[0052] 基于如前所述的鸡受精持续时间性状相关的SNP分子标记的制备方法，该方法包 括W下步骤：
[0053] 1)实验样品采集：
[0054] 所述实验样品包括试验鸡血样；
[005引2)鸡受精持续时间性状的测定：
[0056]测量一次人工受精后试验鸡持续产受精蛋的天数，重复测量Ξ次，取Ξ次所测结 果的平均值，作为该试验鸡受精持续的时间；
[0化7] 3)鸡基因组DNA的提取与检测：
[005引采用苯酪-氯仿法从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，再用凝胶电泳判断DNA的完 整性;对提取后的DNA进行质量检测；
[0059] 4)基因型判定及基因型与鸡受精持续时间的关联分析：
[0060] 将试验鸡血样中提取的基因组DNA，采用PCR和限制性内切酶片段长度多态性的方 法，对试验鸡进行基因型分析，利用SPSS 19统计分析软件进行描述性统计分析，将试验鸡 受精持续时间性状与TGFB3基因型进行关联分析。
[0061] 下面将结合附图图及图2对本发明所提供的技术方案进行详细说明：
[00创一、实验样品
[0063] 实验鸡群来自湖北荆州略口有限公司种鸡场的652只京红巧父母代母鸡（180d日 龄），单笼饲养，执行16:8化：：D)14h光照制度。自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等 始终保持一致，为常规方法。
[0064] 二、鸡受精持续时间的测定
[0065] 对母鸡进行混合精液输精，记录一次人工授精后，收集产蛋并记录每枚蛋的产蛋 日期，每8天入解一次，入解8天后照蛋检测受精情况，统计每只母鸡人工授精20天内的受精 情况，统计每只母鸡一次人工