预测和监控对于Aurora激酶B抑制剂疗法的应答的标记的制作方法

专利名称：预测和监控对于Aurora激酶B抑制剂疗法的应答的标记的制作方法
技术领域：
本发明涉及在关于选择用一种或多种Aurora激酶B抑制剂的癌症疗法的患者分类中有用的诊断测定。具体地，本发明涉及鉴定ABCBl基因、ABCB4基因或其组合中一种或多种拷贝数增益(gain)的存在或不存在，鉴定对于接受作为单一疗法或作为组合疗法的部分的Aurora激酶抑制剂疗法合格的患者，并且监控对于此种疗法的患者应答。背景
Aurora激酶家族是一组高度相关的丝氨酸/苏氨酸激酶，其充当有丝分裂的关键调节剂。3种Aurora激酶在哺乳动物细胞中表达。这些Aurora激酶是Aurora A、Aurora B和 Aurora C。这些Aurora激酶各自显示不同的亚细胞定位且发挥独特作用(参见，Carmena Μ. E. W.，Nat. Rev. Mol. Cell Biol.，4:842-854 (2003)和(Ducat，D. Ζ. Y.，Exp. Cell Tfes. , 301:60-67 (2004))。具体地，Aurora A定位于纺锤极且在两极纺锤体形成中具有关键作用(参见 Marumoto，T. Z. D.，等人，Rev.542-50 (2005))。Aurora B，染
色体过客蛋白质，定位于早期有丝分裂中的着丝粒，并且随后定位于后期中的纺锤体中间区。Aurora B是有丝分裂组蛋白H3磷酸化、染色体双向定向(biorientation)、纺锤体装配限制点和胞质分裂所需的(Andrews，P. D.，等人，Curr. Opin. Cell BioL，15:672-683
(2003))。AuroraC也是染色体过客蛋白质，并且在正常细胞中，其表达局限于睾丸，在其中它主要在雄性配子发生中起作用。因为Aurora激酶在有丝分裂中发挥基本功能，所以相当大的注意力已给予靶向这个激酶家族用于癌症疗法。几种小分子抑制剂已得到开发，包括 Hesperadin、ZM447439、VX-680/MK0457、AZD1152 和 MLN8054 (参见，Ditchfield，C，J. V.，等人，7； Cell Biol. , 161:267-280 (2003)，Harrington，Ε. Α.，等人，Med. , 10:262-267
(2004)，Hauf，S.，等人，7；Cell Biol.，161:281-294 (2003)，Manfredi，Μ. G.，等人， Natl. Acad. Sci. , USA, 104:4106-4111 (2007))。AZDl 152是新乙酰苯胺取代的吡唑-氨基喹唑啉前体药物，其在人血浆中快速转变为活性药物 AZD1152 HQPA(参见，Mortlock，A. A.，等人，7； Med. Chem. , 50:2213-2224 (2007))。与 Aurora A 相比较(Ki 1369 nM)，AZD1152 HQPA 是 Aurora B 的高度有效和有选择性的抑制剂(Ki 0.36 nM)，并且针对50种其他激酶的实验对象组是无活性的。AZD1152 有效抑制人结肠、肺和血液学肿瘤异种移植物在免疫缺陷小鼠中的生长。用ASH152静脉内处理的荷有SW620结肠直肠肿瘤的无胸腺大鼠中的详细药物动力学分析揭示肿瘤中的表型事件的时间顺序组蛋白H3磷酸化的瞬时抑制，具有如DNA的细胞积累，随后为多倍体(Mn DNA)细胞比例中的增加。组织学分析已显示与AZD1152处理的肿瘤中细胞凋亡中的增加同时的异常细胞分裂，即，观察到骨髓的增殖抑制所继发的瞬时的骨髓抑制，尽管这种作用在AZD1152处理停止后是完全可逆的(参见，Wilkinson, R. W.，等人，Clin. Cancer Res. , 13:3683-3688 (2007))。在癌症化学疗法中面对的主要障碍是肿瘤对于细胞毒剂，甚至对于肿瘤细胞从未暴露于其的药物的交叉抗性的发展。这种表型称为多药耐性(MDR)，在用抗癌药物治疗后频繁观察到。虽然关于MDR的分子基础经常是复杂的，但ATP结合盒(ABC)转运蛋白超家族成员的上调已作为由肿瘤细胞利用的核心、细胞自主性机制出现，以逃避在第一线和第二线治疗标准中普遍的化学治疗药物的活性。因为先前化学疗法已失败的个体是最可能接受更新的实验医学的那些，所以MDR易感性代表肿瘤学中的药物开发中的重大障碍。原型ABC转运蛋白，多药耐性1 (MDR1 ；也称为P-糖蛋白或P-gp ；由基因ABCBl编码)由2个跨膜结构域和2个核苷酸结合结构域组成，其通过ATP的水解转运溶质逆着浓度梯度进入细胞外间隙内。其他ABC转运蛋白例如乳腺癌抗性蛋白质(BRCP，其由基因ABCG2编码)作为半转运蛋白表达，并且二聚化以产生成熟的功能单位。尽管BRCP对于针对化学疗法的抗性的贡献仍不明了，但MDRl的上调已是具有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓异常增生综合征的个体中化学疗法失败和低存活的一致地预兆(Pallis，M. R. N. ,Leukemia, 18:1927-1930 (2004) 和 van der Holt，B. L. B.，等人，拟oot/，106 2646-2654 (2005))。此外，MDRl 已与 31 个乳腺癌试验的元分析(meta-analysis)中对于化学疗法的应答减少相关(参见，Trock, B. J.， 等)k，J. Natl. Cancer Inst. ,89:917-931 (1997))。因此，在抑制或调节一种或多种 ABC 转运蛋白的物质开发中已投入相当大的努力。事实上，这类第二代和第三代抑制剂待作为化学致敏剂(chemosensitizer)在临床试验中评价(Bates，S. F.，等k，Nomrtis Found. Symp. , 83-96 (2002))。尽管AZD1152已显示希望的临床前功效且在AML和实体瘤中的I/II期临床试验中评价，但关于发展对于AZD1152的抗性的潜力仍未探究。因此，本领域需要鉴定对于用Aurora激酶B抑制剂治疗的受试者赋予肿瘤细胞抗性的基因，并且使用得自这些基因的信息，例如由这些基因围绕的蛋白质的上调或下调，以开发用于测定或分类患者对于用 Aurora激酶B抑制剂的治疗是否合格的诊断方法，和用于就药物抗性的发展监控患有癌症且用一种或多种Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的方法。概述
在第一个方面，本发明涉及对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗的合格性分类患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患者的测试样品；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
c)基于关于在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在，将患者分类为对于接受用Aurora激酶B抑制剂的治疗是合格的。在第二个方面，本发明涉及对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗的合格性分类患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患者的测试样品；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和c)基于关于在染色体基因座7q21. 1的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在，将患者分类为对于接受用Aurora激酶B抑制剂的治疗是合格的。 在上述2个方面各自中，Aurora激酶B抑制剂可以是AZD1152、ZM447439、VX-680/ MK0457 或 Hersperadin0 在上述2个方面各自中，测试样品可以包括组织样品。具体地，组织样品包括外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、淋巴结样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品，或由外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品或石蜡包埋的组织样品中的任何一种产生的提取物或加工的样品。在上述2个方面各自中，测定步骤(b )可以通过原位杂交执行。具体地，原位杂交可以用荧光标记的核酸探针执行。更具体而言，原位杂交可以用至少2种核酸探针执行。可替代地，原位杂交用肽核酸探针执行。可替代地，在上述2个方面各自中，测定步骤(b)可以通过聚合酶链反应执行。再进一步可替代地，测定步骤(b)可以通过核酸微阵列测定执行。在上述2个方面各自中，癌症可以是结肠直肠癌或胰癌。在第一个方面，在ABCBl基因中拷贝数增益的存在与MDRl多肽表达中的增加相关。在第二个方面，在ABCB4基因中拷贝数增益的存在与MDR3多肽表达中的增加相关。在上述2个方面各自中，患者用反义试剂治疗，所述反义试剂设计为与ABCBl基因、ABCB4基因或ABCBl基因和ABCB4基因的组合中的至少一种结合。在上述2个方面各自中，患者还可以任选用化学疗法、放射或其组合进行治疗。在第三个方面，本发明涉及监控患有癌症且用Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患有癌症且目前用至少一种Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的测试样
P
m ；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在；
c)针对基线水平或预定水平比较测试样品中ABCBl基因的拷贝数；和
d)基于步骤c)中的比较，决定患者是否应继续用Aurora激酶B抑制剂治疗。在第四个方面，本发明涉及监控患有癌症且用Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患有癌症且目前用至少一种Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的测试样
P
m ；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；
c)针对基线水平或预定水平比较测试样品中关于ABCB4基因的拷贝数增益或不存在；
和
d)基于步骤c)中的比较，决定患者是否应继续用Aurora激酶B抑制剂治疗。在上述2个方面各自中，Aurora激酶B抑制剂可以是AZD1152、ZM447439、VX-680/MK0457 或 Hersperadin0在上述2个方面各自中，测试样品可以包括组织样品。具体地，组织样品包括外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、淋巴结样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品，或由外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品或石蜡包埋的组织样品中的任何一种产生的提取物或加工的样品。在上述2个方面各自中，测定步骤(b )可以通过原位杂交执行。具体地，原位杂交可以用荧光标记的核酸探针执行。更具体而言，原位杂交可以用至少2种核酸探针执行。可替代地，原位杂交用肽核酸探针执行。可替代地，在上述2个方面各自中，测定步骤(b)可以通过聚合酶链反应执行。再进一步可替代地，测定步骤(b)可以通过核酸微阵列测定执行。在上述2个方面各自中，癌症可以是结肠直肠癌或胰癌。在第三个方面，在ABCBl基因中拷贝数增益的存在与MDRl多肽表达中的增加相关。在第四个方面，在ABCB4基因中拷贝数增益的存在与MDR3多肽表达中的增加相关。在上述2个方面各自中，患者用反义试剂治疗，所述反义试剂设计为与ABCBl基因、ABCB4基因或ABCBl基因和ABCB4基因的组合中的至少一种结合。在上述2个方面各自中，患者还可以任选用化学疗法、放射或其组合进行治疗。在第五个方面，本发明涉及分类具有对于用Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症的患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患者的测试样品；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在；
c)针对基线水平或预定水平比较测试样品中关于ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
d)基于(i)在染色体基因座7q21. 1上ABCBl基因的拷贝数增益的存在；和(ii )测试样品中拷贝数增益是否高于基线水平或预定水平，将患者分类为具有对于Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症。 在第六个方面，本发明涉及分类具有对于用Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症的患者的方法。该方法包括步骤
a)提供来自患者的测试样品；
b)测定关于在染色体基因座7q21.1的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；
c)针对基线水平或预定水平比较测试样品中关于ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
d)基于(i)在染色体基因座7q21.1上ABCB4基因的拷贝数增益的存在；和(ii)测试样品中拷贝数增益是否高于基线水平或预定水平，将患者分类为具有对于Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症。 在上述2个方面各自中，Aurora激酶B抑制剂可以是AZD1152、ZM447439、VX-680/MK0457 或 Hersperadin0在上述2个方面各自中，测试样品可以包括组织样品。具体地，组织样品包括外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、淋巴结样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品，或由外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品或石蜡包埋的组织样品中的任何一种产生的提取物或加工的样品。在上述2个方面各自中，测定步骤(b )可以通过原位杂交执行。具体地，原位杂交可以用荧光标记的核酸探针执行。更具体而言，原位杂交可以用至少2种核酸探针执行。可替代地，原位杂交用肽核酸探针执行。可替代地，在上述2个方面各自中，测定步骤(b)可以通过聚合酶链反应执行。再进一步可替代地，测定步骤(b)可以通过核酸微阵列测定执行。在上述2个方面各自中，癌症可以是结肠直肠癌或胰癌。在第五个方面，在ABCBl基因中拷贝数增益的存在与MDRl多肽表达中的增加相关。在第六个方面，在ABCB4基因中拷贝数增益的存在与MDR3多肽表达中的增加相关。在上述2个方面各自中，患者用反义试剂治疗，所述反义试剂设计为与ABCBl基因、ABCB4基因或ABCBl基因和ABCB4基因的组合中的至少一种结合。在上述2个方面各自中，患者还可以任选用化学疗法、放射或其组合进行治疗。在第七个方面，本发明涉及包括下述的试剂盒
(a)用于测定关于ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在的试剂；
(b)用于执行测试的说明书。在上述试剂盒中，测定拷贝数增益的存在或不存在的试剂包括与ABCBl基因的至少部分杂交的可检测标记的多核苷酸。在第八个实施方案中，本发明涉及包括下述的试剂盒
(a)用于测定关于ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在的试剂；
(b)用于执行测试的说明书。在上述试剂盒中，测定拷贝数增益的存在或不存在的试剂包括与ABCB4基因的至少部分杂交的可检测标记的多核苷酸。附图简述


图1显示如实施例中所述，ABCBl和ABCB4鉴定为SW620衍生物中扩增且超表达的基因，所述SW620衍生物对于针对AZDl 152 HQPA的抗性进行选择。具体地，图IA显示在亲本 SW620细胞、SW620ABra"3细胞和在无药物培养基中培养3个月后的SWeZO·"3细胞中，使用 Affymetrix 100K SNP芯片通过CGH测定的ABCBl和ABCB4拷贝数。垂直线指示ABCBl基因座的位置，并且水平线指示正常DNA拷贝数(2个拷贝)。图IB显示与其他溶质转运蛋白相比较，关于ABCBl和ABCB4的mRNA表达值。STOZO 173中ABCBl (编码MDRl)和ABCB4 (编码MDR3)的表达水平由箭标指示。图IC显示使用Affymetrix HG-U133A GeneChips测定的，关于超过14，000种基因加上ESTs广22，000探针组)的mRNA表达值。数据呈现为与其表达增加10倍或更大的所有基因相比较，与亲本SW620细胞相比较，关于SW620ABGB1/3 细胞的基因表达中的倍数变化。图ID显示通过免疫印迹分析测定的MDRl蛋白质的相对表达。肌动蛋白用作装载对照。图2显示ABCBl的抑制逆转SW620abgbV3衍生物中对于AZDl 152 HQPA的抗性。图 2A显示在剂量应答中用AZDl 152 HQPA处理90分钟的SW620、31620 〃和在无药物培养基中培养3个月后的SW620abgbV3细胞。通过免疫印迹分析测定组蛋白H3在^rltl上的磷酸化。 图2B显示用1 μΜ AZDl 152 HQPA处理4小时的SW620或31620 〃细胞。使细胞分级分离，并且在分别的样品级分中通过LC-MS分析测定AZD1152 HQPA浓度。图2C显示在剂量应答中AZDl 152 HQPA 90分钟前，用DMSO或1 μ M PSC-833处理2小时的细胞。 随后通过免疫印迹测定组蛋白H3的磷酸化。图2D显示通过转染萤光素酶(siLuciferase) 或 ABCBK siABCBl )siRNAs，随后用 AS)1152 HQPA 处理转染的细胞 90 分钟，评估 SW620ABCB1/3 衍生物中ABCBl击倒的作用。ABCBl的免疫印迹分析指示与siLuciferase相比较，蛋白质水平由siABCBl减少约75%。图3显示在SW620与SW620abgbV3异种移植物比较中，AZDl 152 HQPA的药物代谢动力学、药物动力学和功效的关系。图3A (上图)显示通过计算在组蛋白H3磷酸化的测定中AZD1152 HQPA的固有效力和当在50% (vv4)小鼠血浆的存在下测定时AZD1152 HQPA 的效力中的倍数减少的积估计的抑制异种移植物组蛋白H3磷酸化所需的计划阈值瘤内浓度。下图显示在100 mg kg—1的单次腹膜内(i. p.)注射后，在给药后0、2、8和M小时时测定的AZD1152 HQPA瘤内药物代谢动力学。图显示给予单剂AZDl 152 HQPA的荷有确立的SW620和SWeZO—肿瘤异种移植物的小鼠(100 mg kg—Si.p.)，并且每个时间点收获3 个肿瘤。取出肿瘤，并且在用AZD1152处理后通过SW620肿瘤(浅蓝色)和SWeZO·"3肿瘤 (深蓝色)中的免疫印迹测定磷酸-组蛋白H3水平。定量免疫印迹，并且数据表示为曲线下面积。呈现来自个别时间点的平均值士 s. e.m。图3C和图3D显示如实施例1中所述，皮下注射到Mifbg小鼠内的SW620和SW620—细胞。肿瘤在约500 mm3进行大小匹配，并且用AZD1152的处理在接种后第7天起始。AZD1152以q2d时间表以50或100 mg/kg/天的剂量通过i. P.注射施用2周。每个点代表10个肿瘤的平均值士 s. d.。图4显示超表达ABCBl的细胞系在体外对于AS)1152 HQPA和VX-680/MK0457是抗性的。图4A呈现在显示ABCBl的相对表达的异种移植物研究中使用的细胞系的免疫印迹。图4B显示在7天集落形成(贴壁系SW620、SW620abgbV3、HCT-15、AsPC1)或生存力(非贴壁系RS ；411 和 DoHH-2)中对于针对 AZD1152 HQPA、VX-680/MK0457、MLN8054 和紫杉醇的相对敏感性评价的细胞系实验对象组。细胞在剂量应答中处理，以测定IC5(ls。图4C显示在添加所示浓度的AZDl 152 HQPA另外1小时前，用DMSO或1 μ M PSC-833处理1小时的 HCT-15细胞。通过免疫印迹测定总和磷酸-(Serltl)-组蛋白H3。图4D显示如图4C中所述，用DMSO或10 μ M烟曲霉毒素C处理1小时随后为AZD1152 HQPA的AsPCl细胞。碰
本发明提供了关于对于Aurora激酶B抑制剂疗法的抗性监控癌症和肿瘤细胞的方法和组合物。本发明人发现关于(i)在染色体基因座7q21. 1的ABCBl基因；(ii)在染色体基因座7q21. 1的ABCB4基因；或(iii)在染色体基因座7q21. 1上的ABCBl基因和ABCB4基因各自的拷贝数增益的存在与对于用Aurora激酶B抑制剂的疗法的抗性相关。
本发明人发现使用基于微阵列的比较基因组杂交技术的上述拷贝数增益，以检测在全基因组规模上的基因拷贝数异常(例如拷贝数增益和拷贝数丧失)，从而提供了伴随 DNA拷贝数中的变化的染色体畸变的全基因组视图。这种方法在METHODS FOR ASSEMBLING PANELS OF CANCER CELL LINES FOR USE IN TESTING THE EFFICACY OF ONE OR MORE PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS中完全公开，其于2008年10月31日提交，并且指定美国系列号61/110，281，其内容整体引入本文。本发明提供了用于鉴定、分类且监控癌症患者的诊断测定，这包括就关于(i) ABCB1基因；(i i ) ABCB4基因；或(i i i ) ABCB1基因和ABCB4基因各自的拷贝数增益的存在或不存在评估测试样品。本发明的测定包括用于鉴定对于接受Aurora激酶B疗法(作为单一疗法或作为组合疗法(例如连同化学疗法、放射或其组合)的部分)合格的患者和用于监控对于此种疗法的患者应答的测定方法。本发明包括例如通过荧光原位杂交测定关于 (i ) ABCB1基因；(i i ) ABCB4基因；或(i i i ) ABCB1基因和ABCB4基因各自的拷贝数增益的存在或不存在。分类为具有关于(i) ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和 ABCB4基因各自的拷贝数增益中的增加的患者对于接受至少作为单一疗法的Aurora激酶 B疗法是不合格的，因为他们不太可能响应这种疗法。此外，具有这种扩增的患者可以对其他癌症疗法是抗性的。因此，关于癌症和肿瘤细胞中(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或 (iii) ABCBl基因和ABCB4基因各自的拷贝数增益的存在的测定作为一般疗法分层标记是有用的。在一个实施方案中，本发明包括用于将患者鉴定或分类为对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗(作为单一疗法或组合疗法的部分)合格的方法，该方法包括步骤
(a)提供来自患者的组织样品；
(b)测定关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
(c)基于关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii)ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的不存在，将患者分类为对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗是合格的。在上述方法中，基于关于(i) ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的存在，患者对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗(至少作为单一疗法)将是不合格的。由其获得测试样品的患者可以是怀疑或诊断有癌症的患者。此外，本发明人发现 ABCBl基因中的拷贝数增益与MDRl多肽表达中的增加相关，并且ABCB4基因中的拷贝数增益与MDR3多肽表达中的增加相关。在这个实施方案中，癌症可以是任何类型的癌症，例如结肠直肠癌或胰癌。此外， 在这个实施方案中，基因扩增可以通过多彩色荧光原位杂交(FISH)测定进行测定，例如对肺癌肿瘤活组织检查样品执行。在其他实施方案中，使用定量聚合酶链反应(Q-PCR)方法。在另外一个实施方案中，本发明包括用于鉴定或分类具有对于用Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症的患者的方法，该方法包括步骤
(a)提供来自患者的测试样品(例如组织样品)；
(b)测定关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
(c)基于关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii)ABCBl基因和ABCB4基因的
10拷贝数增益的存在，将患者分类为具有对于Aurora激酶B抑制剂是抗性的癌症。在这个实施方案中，癌症可以是任何类型的癌症，例如结肠直肠癌或胰癌。此外， 在这个实施方案中，基因扩增可以通过多彩色荧光原位杂交(FISH)测定进行测定，例如对肺癌肿瘤活组织检查样品执行。在其他实施方案中，使用聚合酶链反应(PCR)。在另外一个实施方案中，本发明涉及用于监控用Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的方法，该方法包括步骤
(a)提供来自用至少一种Aurora激酶抑制剂治疗的癌症患者的测试样品(任选地，可以鉴定或提取得自组织样品的肿瘤或癌细胞)；
(b)测定测试样品中(例如肿瘤或癌细胞中)关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或 (iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和
(c)针对基线水平或预定水平比较来自测试样品(例如肿瘤或癌细胞)的关于(i)ABCBl 基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益；和
(d)基于步骤(c)中的比较，决定患者是否应继续用Aurora激酶B抑制剂治疗。具体地，如果具有关于(i ) ABCB1基因；(i i ) ABCB4基因；或(i i i ) ABCB1基因和ABCB4基因的拷贝数增益的测试样品(例如肿瘤或癌细胞)与基线水平或预定水平相同或高于基线水平或预定水平，那么用Aurora激酶B抑制剂的治疗可以中断、停止或终止(如果它作为单一疗法单独使用的话)。可替代地，治疗医生可以决定组合Aurora激酶B抑制剂与至少第二种疗法(例如用第二种小分子的治疗)作为组合疗法。然而，如果得自测试样品(例如肿瘤或癌细胞)的关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii)ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益小于基线水平或预定水平，或如果未检测到关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或 (iii)ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益，那么用Aurora激酶B抑制剂的治疗可继续。 再次，取决于用所述治疗获得的结果，治疗医生可以决定组合Aurora激酶B抑制剂与至少第二种疗法(例如用第二种小分子的治疗)作为组合疗法。再次，FISH和PCR方法可以用于检测得自患者的测试样品中关于(i)ABCBl基因； (ii) ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在。本发明还涉及包装例如工程改造为作为PCR引物、FISH探针等使用的寡核苷酸或多核苷酸的试剂盒。本发明具有提供用于癌症疗法且具体用于Aurora激酶B抑制剂疗法的改善的患者分层的显著能力。这些生物标记由本发明的评估还允许跟踪对于疗法的个别患者应答。A.定义
如本文这个章节和整个公开内容中使用的章节标题不预期是限制性的。如本文使用的，单数形式“a”、“an”和“the”包括复数对象，除非上下文另有明确说明。对于本文数字范围的叙述，明确预期了具有相同精确度的两者之间的每个间插数字。 例如，对于范围6-9，除6和9外，还预期了数字7和8，并且对于范围6. 0-7. 0，明确预期了数字 6. 0,6. 1,6. 2,6. 3,6. 4,6. 5,6. 6,6. 7,6. 8,6. 9 和 7. 0。a) Aurora激酶B抑制剂
"Aurora激酶B抑制剂”指任何类型(例如非选择性或选择性)的治疗化合物，包括基于小分子、抗体、反义、小干扰RNA或微小RNA的化合物，其与Aurora激酶B或Aurora B中的至少一种结合，并且拮抗Aurora激酶B或Aurora B相关核酸或蛋白质的活性。例如，已知许多Aurora激酶B抑制剂抑制组蛋白H3磷酸化或细胞分裂中的至少一种。此外，已知许多Aurora激酶B抑制剂在至少一种细胞系统(例如急性髓性白血病细胞系、原代急性髓性白血病培养物等)中诱导细胞凋亡。本发明的方法对于任何已知或将来开发的Aurora激酶 B抑制剂都是有用的。Aurora激酶B抑制剂的例子是AZDl 152、ZM447439、VX-680/MK0457 禾口 Hesperadin0AZDl 152 也称为 2_[[3_ ( {4_[ (5-{2-[ (3_ 氟苯基)氨基]_2_ 氧代乙基吡唑-3-基)氨基]-喹唑啉-7-基}氧)丙基](乙基)氨基]乙基二氢磷酸酯是吡唑并喹唑啉Aurora激酶抑制剂(AZD1152-#-羟基喹唑啉吡唑酰苯胺(HQPA))的药物前体，并且在血浆中快速转变为活性 AZD1152-HQPA(参见，Mortlock，AA，等人，7； Med. Chem. , 50:2213-24 (2007))。AZD1152-HQPA是Aurora B的高度有效和有选择性的抑制剂。ZM447439也称为4_ (4- OV-苯甲酰氨基)苯胺基)_6_甲氧基_7_ (3- (1_吗啉代)丙氧基)喹唑啉，是喹唑啉衍生物，抑制Aurora A和Aurora B。ZM447439的化学结构在 Ditchfield，C.，等人，7； Cell Bio. , 161 (2) :267-280 (2003)和 Montembault，Ε.，等 k, Drugs of the Future，3Q (1) :1-9 (2005)中提供。VX-680/MK0457 是{4-[4- (4_ 甲基-哌嗪基)_6_ (5-甲基-2H-吡唑-3-基氨基)_嘧啶-2-基硫烷基]-苯基}-酰胺的环丙烷羧酸，并且抑制Aurora A.Aurora B和 Aurora C。VX-680/MK0457 的化学结构在Montembault，Ε.，等k，Drugs of the Future，3Q (1) :1-9 (2005)中提供。Hesperadin，吲哚满酮，抑制 Aurora B。Hesperadin 的化学结构在 Hauf，S.，等人， J. Cell Bio.，161 (2):281-294 (2003)禾口 Montembault，E.，等k，Drugs of the Future, 30 (1) :1-9 (2005)中提供。b)基本上由具有％序列同一性的多核苷酸组成
“基本上由具有％序列同一性的多核苷酸组成”意指多核苷酸在长度中没有相当大不同，但在序列中可能相当大地不同。因此，基本上由与100个核苷酸的已知序列“B”具有至少80%序列同一性的多核苷酸组成的多核苷酸“A”意指多核苷酸“A”约100个核苷酸 (nts)长，但最高达20个nts可以与“B”序列不同。正被讨论的多核苷酸序列可以更长或更短，这是由于末端的修饰，例如1-15个核苷酸的添加，以产生特定类型的探针、引物和其他分子工具等，例如当添加基本上非等同的序列以产生预期二级结构时的情况。当序列通过“基本上由……组成”修饰时，此种非等同核苷酸在序列同一性计算中不予以考虑。C)表达、反义抑制和共抑制
“表达”指功能终产物的产生。基因的表达涉及基因的转录和mRNA翻译成前体或成熟蛋白质。“反义抑制”指能够抑制靶蛋白质表达的反义RNA转录物的产生。“共抑制”指能够抑制等同或基本上相似的外来或内源基因表达的有义RNA转录物的产生(美国专利号 5，231，020)。d)分离的
如本文使用的，在核酸分子或多核苷酸的背景中的术语“分离的”指这样的核酸分子或多核苷酸，其与核酸分子或多核苷酸的天然来源中存在的其他核酸分子或多核苷酸分离。 此外，当通过重组技术产生时，“分离的”核酸分子或多核苷酸例如cDNA分子可以基本上不含其他细胞材料或培养基，或当化学合成时，基本上不含化学前体或其他化学试剂。在一个方面，核酸分子或多核苷酸是分离的。e)基因
“基因”指表达特定蛋白质的核酸片段，包括在编码序列前(5’非编码序列)和后(3’非编码序列)的调节序列。f )天然基因和嵌合构建体
“天然基因”指如在自然界中与其自身调节序列一起发现的基因。相比之下，“嵌合构建体”指在自然界中正常未一起发现的核酸片段的组合。因此，嵌合构建体可以包括衍生自不同来源的调节序列和编码序列，或衍生自相同来源但以与自然界中正常发现的那种不同的方式排列的调节序列和编码序列。g)百分比(％ )核酸序列同一性
就核酸序列而言的“百分比(％)核酸序列同一性”定义为，在比对序列和若需要则引入缺口，以达到最大限度的百分比序列同一性后候选序列中与目的序列中的核苷酸等同的核苷酸百分比。为了测定％核酸序列同一性目的的比对可以以在本领域技术内的各种方式达到，例如使用可公开获得的计算机软件，例如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR) 软件。本领域技术人员可以确定用于测量比对的合适参数，包括达到在被比较的序列全长上的最大限度比对所需的任何算法。当比对核苷酸序列时，对于、关于或针对给定核酸序列D的给定核酸序列C的％核酸序列同一性(其可以可替代地用短语表示为具有或包括对于、关于或针对给定核酸序列D 的特定％核酸序列同一性的给定核酸序列C)可以如下计算
%核酸序列同一性=W/Z*100 其中
W是通过序列比对程序或算法的C和D比对评分为等同匹配的核苷酸数目禾口
Z是D中的核苷酸总数目。当核酸序列C的长度不等同于核酸序列D的长度时，C与D的％核酸序列同一性将不等同于D与C的％核酸序列同一性。h )聚合酶链反应或PCR
“聚合酶链反应”或“PCR”是用于合成大量特定DNA区段的技术，由一系列重复的循环组成(Perkin Elmer Cetus hstruments，Norwalk，CT)。一般地，使双链 DNA 热变性，与靶区段的3’边界互补的2个引物在低温退火，并且随后在中间温度延伸。一组这3个连续步骤被称为循环。PCR是通过模板的反复复制，在短时间段内用于将DNA扩增数百万倍的强大技术。 ((Mullis, K.，等人，Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 51 Pt 1:263-73 (1986))；欧洲专利申请号50，424 ；欧洲专利申请号84，796 ；欧洲专利申请号％8，017，欧洲专利申请号 237，362 ；欧洲专利申请号201，184，美国专利号4，683，202 ；美国专利号4，582，788 ；和美国专利号4，683，194)。该方法使用特定体外合成的寡核苷酸组以引发DNA合成。引物的设计取决于待分析的DNA序列。该技术通过在高温使模板解链、允许引物与模板内的互补序列退火，并且随后用DNA聚合酶复制模板的许多循环(通常20-50个)执行。PCR反应的产物可以通过在琼脂糖凝胶中分离随后为溴化乙锭染色和用UV透照显现进行分析。可替代地，放射性dNIPs可以添加到PCR中，以将标记掺入产物内。在这种情况下，PCR的产物通过使凝胶暴露于χ射线片进行显现。放射性标记PCR产物的添加的优点是可以定量个别扩增产物的水平。i)多核苷酸
“多核苷酸”是核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、修饰的RNA或DNA、或RNA或DNA 模拟物(例如PNAs)及其衍生物和其同源物的核酸聚合物。因此，多核苷酸包括由天然存在的核碱基、糖和共价核苷间(主链)键组成的聚合物，以及相似作用的具有非天然存在部分的聚合物。此种修饰或取代的核酸聚合物是本领域众所周知的，并且被称为“类似物”。寡核苷酸一般是约10到最高达约160或200个核苷酸的短多核苷酸。多核苷酸还包括与靶序列特异性杂交的引物，包括核酸序列的类似物和/或衍生物及其同源物。多核苷酸可以通过常规技术进行制备，例如使用商购可得设备的固相合成，例如 Bj/AApplied Biosystems USA Inc. (Foster City, CA ；USA)> DuPont (Wilmington, DE ； USA)或Milligen (Bedford, MA ;USA)获得的那种。修饰的多核苷酸例如硫代磷酸酯和烷基化衍生物还可以通过本领域已知的相似方法容易地制备(参见美国专利号4，948，882、 5，464，746 和 5，424，414)。j)多核苷酸类似物
如本文使用的，术语“多核苷酸类似物”指具有修饰的主链或非天然核苷间键的聚合物。修饰的主链包括保留主链中的磷原子的那些，例如硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯，以及不再具有磷原子的那些，例如通过短链烷基或环烷基核苷间键、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间键、或一种或多种短链杂原子或杂环核苷间键形成的主链。修饰的核酸聚合物(类似物)可以包含一种或多种修饰的糖部分。其中核苷酸单位的糖和核苷间键由新基团替换的作为RNA或DNA模拟物的类似物也是有用的。在这些模拟物中，维持碱基单位用于与靶序列杂交。已显示具有极佳杂交性质的此种模拟物的例子是肽核酸(PNA)(参见Buchardt，0.，P. Nielsen，和R. Berg. 1992. Peptide Nucleic Acids) k)预定水平
如本文使用的，术语“预定水平” 一般指测定截止值，其用于通过针对预定水平比较测定结果来评估诊断结果，并且其中预定水平已经与各种临床参数关联或相关(例如评估危险、疾病严重性、进展/非进展/改善，测定测试样品的时期(age)，测定测试样品(例如血清或血浆)是否发生溶血等)。本发明提供了示例性预定水平，并且描述了此种水平与关于如本文描述的示例性测定的临床参数的初始关联或联系。然而，众所周知截止值可以依赖于测定的性质而改变。进一步完全在本领域技术人员普通技术内的是使本文的本发明适合于其他测定，以基于这个说明书获得关于那些其他测定的测定特异性截止值。1)引物或探针
如本文使用的，“探针”或“引物”是长度至少8个核苷酸且与靶序列形成杂交体结构的多核苷酸，这是由于探针或引物中的至少一个序列与靶区域中的序列的互补性。探针的多核苷酸区可以由DNA和/或RNA和/或合成核苷酸类似物组成。优选地，探针不包含与在
14聚合酶链反应过程中用于引发靶序列的一个或多个序列互补的序列。m)重组体
“重组体”指2个否则分离的序列区段的人工组合，例如通过化学合成或通过经由基因工程技术操作核酸的分离的区段。η)特异性杂交
“特异性杂交”指核酸与第二种核酸可检测且特异性结合的能力。在使通过非特异性核
酸的可检测结合的可估计量降到最低的杂交和洗涤条件下，多核苷酸与靶核酸链特异性杂 、-父。O)严格性或严格条件
单链DNA与互补片段杂交的特异性由反应条件的严格性决定。杂交严格性随着形成 DNA双链体的倾向降低而增加。在核酸杂交反应中，可以选择严格性以支持特异性杂交(高严格性)。较不特异的杂交(低严格性)可以用于鉴定相关但并非确切的DNA分子(同源但并非等同)或区段。DNA双链体通过下述得到稳定(1)互补碱基对数目，(2)碱基对类型，(3)反应混合物的盐浓度(离子强度)，(4)反应温度，和(5)降低DNA双链体稳定性的特定有机溶剂例如甲酰胺的存在。通常方法是改变温度更高的相对稳定导致更严格的反应条件(参见 Ausubel, F. Μ. ，R. Brent, R. Ε. Kingston，等人 1987. Current Pro toco Is in Molecular Biology. John Wiley & Sons，New ^rk)，提供杂交反应的严格性的极佳解释。在“严格条件”下的杂交意指其中彼此至少60%同源的核苷酸序列保持杂交的杂交规程。多核苷酸可以包括其他附加基团，例如肽(例如用于在体内靶向宿主细胞受体)， 或促进跨越细胞膜的转运的试剂。此外，寡核苷酸可以用杂交触发的切割试剂(参见van der Krol ^K^Biotechniques. 6958-76 (1988)或嵌入齐[J(intercalculating agents) (Zon, G. , Pharm Res. 5:539-49 (1988))进行修饰。寡核苷酸可以与另一种分子缀合，例如肽、杂交触发的交联剂、转运试剂、杂交触发的切割试剂等。ρ)受试者或患者
如本文使用的，术语“受试者”和“患者”互换使用，不管受试者是否具有或目前经历任何形式的治疗。如本文使用的，术语“受试者”指任何脊椎动物，包括但不限于哺乳动物(例如牛、猪、骆驼、美洲驼、马、山羊、兔、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、犬、大鼠和小鼠、非人灵长类动物 (例如猴，例如食蟹猴、黑猩猩等)和人)。优选地，受试者是人。受试者或患者可以是活的或死亡的。q)靶序列或靶核酸序列
“靶序列”或“靶核酸序列”意指包含例如基因或其互补体或片段的核酸序列，其使用多核苷酸引物或探针扩增、检测或两者。另外，虽然术语靶序列有时指双链核酸序列；但靶序列还可以是单链的。在其中靶是双链的情况下，多核苷酸引物序列优选扩增靶序列的2条链。可以选择对于特定生物或多或少特异的靶序列。例如，靶序列可以对于生物的整个属、 超过一个属、物种或亚种、血清群(serogroup)、营养型、血清型、品系、分离物或其他亚型是特异的。r)测试样品“测试样品”意指得自受试者的样品或生物学流体，其中样品可以包含靶序列。测试样品可以得自任何来源，例如组织、血液、唾液、痰、粘液、汗、尿、尿道拭子、子宫颈拭子、泌尿生殖或肛门拭子、结膜拭子、眼睛晶状体流体、脑脊髓液等。测试样品可以(i)如得自来源那样直接使用；或(ii)在预处理后使用，以修饰样品的特征。因此，测试样品可以在使用前进行预处理，通过例如由血液制备血浆或血清，破裂细胞或病毒颗粒，由固体材料制备液体，稀释粘性流体，过滤液体，添加试剂，纯化核酸等。S)治疗
如本文使用的，术语“治疗”指在(i)防止病理学状况发生(例如预防)；(ii)抑制病理学状况或阻止其发展；(iii)减轻病理学状况和/或防止或减少与此种病理学状况相关的一种或多种症状的严重性的努力中，给受试者施用一种或多种活性剂或化合物，不管项目 (i)到(iii)中的任何一项在受试者中是否是成功的。t)变体多核苷酸或变体核酸序列
“变体多核苷酸”或“变体核酸序列”意指与给定核酸序列具有至少约60%核酸序列同一性，更优选至少约 61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、 73%,74%,75%,76%,77%,78%,79%,80%,81 %,82%,83%,84%,85%,86%,87%, 88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 核酸序列同一性，且更加优选至少约99%核酸序列同一性的多核苷酸。变体不包含天然核苷酸序列。一般地，变体多核苷酸长度至少约8个核苷酸，经常长度至少约9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29 30、35、40、45、50、55、60 个核苷酸， 或甚至长度约75-200个核苷酸或更多。核苷酸的范畴包括其中核酸分子已通过取代、化学、酶促或其他合适方法用除天然存在的核苷酸外的部分共价修饰的衍生物。B.多核苷酸测定
在本发明中有用的核酸测定法包括通过下述检测拷贝数增益的存在或不存在(i )对于完整组织或细胞样品的原位杂交测定，(ii)对于从组织样品中提取的染色体DNA的微阵列杂交测定，和(iii)对于从组织样品中提取的染色体DNA的聚合酶链反应(PCR)或其他扩增测定。还可以使用在这些形式中的任何一种中使用核酸的合成类似物例如肽核酸的测定。本发明的测定用于鉴定关于(i)ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii ) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益用于在预测治疗应答和用于监控对于Aurora激酶B抑制剂疗法的患者应答中使用。对于应答预测的测定可以在疗法开始前运行，并且未显示或展示显示关于(i) ABCBl基因；(ii)ABCB4基因；或(iii) ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益的患者对于接受Aurora激酶B抑制剂疗法是合格的。关于(i) ABCBl基因；(ii) ABCB4 基因；或(iii)ABCBl基因和ABCB4基因的拷贝数增益还可以指示对于其他癌症疗法的抗性，例如化学疗法或放射疗法。对于监控患者应答，测定可以在疗法起始时运行，以确立组织样品中的生物标记的基线水平，例如显示样品中的拷贝数增益的总细胞百分比或细胞数目。随后取样且测定相同组织，并且使生物标记的水平与基线比较。当水平保持相同或降低时，疗法可能是有效的且可以继续。当发生超过基线水平的显著增加时，患者可能不响应或可能已发展对于继续的Aurora激酶B抑制剂疗法的抗性。
本发明的测定可以与靶向的癌症疗法一起使用，例如对于实体瘤(例如肉瘤或癌) 或血液学恶性肿瘤(例如影响血液、骨髓和淋巴结的癌症)的靶向疗法。本发明的测定可以对于实体瘤使用，所述实体瘤例如结肠直肠癌、胰癌、甲状腺癌、前列腺癌、膀胱癌、肝癌、 胆管癌、口癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、卵巢癌或乳腺癌。本发明的测定可以对于血液学恶性肿瘤使用，所述血液学恶性肿瘤例如急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病 (AML)、慢性髓细胞性白血病(CML)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、费城染色体阳性的急性成淋巴细胞性白血病(Wi+ALL)和慢性淋巴细胞性白血病(CLL)。测定可以关于其中涉及 Aurora激酶B扩增或超表达的任何癌症类型进行。本发明的测定对任何类型的测试样品执行，例如任何类型的患者组织样品或其衍生物，包括外周血，肿瘤或可疑肿瘤组织(包括新鲜冷冻和固定的石蜡包埋的组织)，细胞分离物例如在血液样品、淋巴结组织、骨髓和细针抽吸物中分离或鉴定的循环上皮细胞。本发明包括通过杂交测定检测基因组生物标记，其中使用基于可检测标记的核酸的探针，例如脱氧核糖核酸(DNA)探针或蛋白质核酸(PNA)探针，或设计/选择为与特定染色体靶杂交的未标记的引物。未标记的引物在扩增测定中使用，例如通过聚合酶链反应 (PCR)，其中在引物结合后，聚合酶扩增靶核酸序列用于后续检测。在PCR或其他扩增测定中使用的检测探针优选是荧光的，并且更加优选地，在“实时PCR”中有用的检测探针。荧光标记对于在原位杂交中的使用也是优选的，但还可以使用在杂交技术中常用的其他可检测标记，例如酶促、生色和同位素标记。有用的探针标记技术在文献中描述(Fan，Y. -S. 2002. Molecular cytogenetics :protocols and applications. Humana Press，Totowa, N. J. xiv，第411页，其内容引入本文作为参考)。在通过微阵列分析检测基因组生物标记中，应用这些探针标记技术，以标记从患者样品中提取的染色体DNA，其随后与微阵列杂交。关于人ABCBl基因的多核苷酸序列(SEQ ID N0:1 ；GenBank登记号NM_000927)显示于表1中。
权利要求
1.一种对于用Aurora激酶B抑制剂的治疗的合格性分类患者的方法，所述方法包括步骤a)提供来自患者的测试样品；b)测定关于(1)在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因或(2)在染色体基因座7q21. 1 的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和c)基于关于(1)在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因或(2)在染色体基因座7q21. 1 的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在，将所述患者分类为对于接受用Aurora激酶B 抑制剂的治疗是合格的。
2.一种监控患有癌症且用Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的方法，所述方法包括步骤a)提供来自患有癌症且目前用至少一种Aurora激酶B抑制剂治疗的患者的测试样PBFI ；b)测定关于(1)在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因或(2)在染色体基因座7q21. 1 的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；c)针对基线水平或预定水平比较所述测试样品中所述ABCBl基因或ABCB4基因的拷贝数；和d)基于步骤c)中的比较，决定所述患者是否应继续用Aurora激酶B抑制剂治疗。
3.一种分类具有对于用Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症的患者的方法，所述方法包括步骤a)提供来自患者的测试样品；b)测定关于(1)在染色体基因座7q21.1的ABCBl基因或(2)在染色体基因座7q21. 1 的ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；c)针对基线水平或预定水平比较所述测试样品中关于所述ABCBl基因或ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在；和d)基于(i)在染色体基因座7q21. 1上所述ABCBl基因或ABCB4基因的拷贝数增益的存在；和(ii)所述测试样品中拷贝数增益是否高于基线水平或预定水平，将所述患者分类为具有对于Aurora激酶B抑制剂治疗是抗性的癌症。
4.权利要求1、2或3的方法，其中所述Aurora激酶B抑制剂是AZD1152、ZM447439、 VX-680/MK0457 或 Hersperadin。
5.权利要求1、2或3的方法，其中所述测试样品包括组织样品。
6.权利要求5的方法，其中所述组织样品包括外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、 薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、淋巴结样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品，或由外周血样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、骨髓样品、尿样品、腹水样品、灌洗样品、 食管刷洗样品、膀胱或肺洗涤样品、脊髓液样品、脑液体样品、导管抽吸物样品、乳头排出物样品、胸膜积液样品、新鲜冷冻组织样品或石蜡包埋的组织样品中的任何一种产生的提取物或加工的样品。
7.权利要求1、2或3的方法，其中所述测定步骤(b)通过原位杂交执行。
8.权利要求7的方法，其中所述原位杂交用(a)荧光标记的核酸探针、(b)至少2种核酸探针或(c )肽核酸探针执行。
9.权利要求1、2或3的方法，其中所述测定步骤(b)通过聚合酶链反应或核酸微阵列测定执行。
10.权利要求1、2或3的方法，其中所述癌症是结肠直肠癌或胰癌。
11.权利要求1、2或3的方法，其中所述(a)ABCBl基因中拷贝数增益的存在与MDRl多肽表达中的增加相关，或所述(b)ABCB4基因中拷贝数增益的存在与MDR3多肽表达中的增加相关。
12.权利要求1、2或3的方法，其中所述患者还用化学疗法、放射或其组合进行治疗。
13.—种试剂盒，其包括(a)用于测定关于ABCBl基因的拷贝数增益的存在或不存在的试剂；(b)用于执行所述测试的说明书。
14.权利要求13的试剂盒，其中测定拷贝数增益的存在或不存在的所述试剂包括与 ABCBl基因的至少部分杂交的可检测标记的多核苷酸。
15.一种试剂盒，其包括(a)用于测定关于ABCB4基因的拷贝数增益的存在或不存在的试剂；(b)用于执行所述测试的说明书。
16.权利要求15的试剂盒，其中测定拷贝数增益的存在或不存在的所述试剂包括与 ABCB4基因的至少部分杂交的可检测标记的多核苷酸。
全文摘要
本发明涉及鉴定ABCB1基因、ABCB4基因或其组合中一种或多种拷贝数增益的存在或不存在，鉴定对于接受作为单一疗法或作为组合疗法的部分的Aurora激酶抑制剂疗法合格的患者，并且监控患者对于此种疗法的应答。
文档编号C12Q1/68GK102365372SQ201080014811
公开日2012年2月29日 申请日期2010年1月29日 优先权日2009年1月31日
发明者塞米扎洛夫 D., 沙 J., 郭 J., 安德森 M. 申请人:雅培制药有限公司