ATAGGA AGTACTTAGAACAGGGTCTGACACAGGAAATGCT
[0144] CSF6 次重复
[0145] GATATTAACAGTAACTGCCTTCATAGATAGAAGATAGATAGATTAGATAGATAGATA GATAGATAGAT AGGAAGTACTTAGAACAGGGTCTGACACAGGAAATGCT
[0146] CSF7 次重复
[0147] GATATTAACAGTAACTGCCTTCATAGATAGAAGATAGATAGATTAGATAGATAGATA GATAGATAGAT AGATAGGAAGTACTTAGAACAGGGTCTGACACAGGAAATGCT
[0148] CSF8 次重复
[0149] GATATTAACAGTAACTGCCTTCATAGATAGAAGATAGATAGATTAGATAGATAGATA GATAGATAGAT AGATAGATAGGAAGTACTTAGAACAGGGTCTGACACAGGAAATGCT
[0150] CSF9 次重复
[0151] GATATTAACAGTAACTGCCTTCATAGATAGAAGATAGATAGATTAGATAGATAGATA GATAGATAGATAGATAGATAGAT
[0152] C)除了制作基因座的标准"阶梯比对参照序列"，直接对重复序列计数的方法也可 实现STR数据转换。
[0153] 由此，获得190份DNA干血片样品的预定STR基因座基因型结果。
[0154] 同时，利用多色荧光法的AmpF STR Identifiler PCR扩增试剂盒按照试剂盒说明 书的步骤操作，对190份干血片样品进行STR分型检测，获得检测结果。
[0155] 两种方法的检测结果见表9和10,其中，每个基因型的第二栏数据空白表示此样 品的基因型为纯合的，即其分型结果同第一栏。需要说明的是例如D6S1043至Amelogenin 中多色荧光法的结果完全为空，则是因为多色荧光法不能鉴定该型别。
[0156] 表9.样品ID001和ID002的两种方法（多色荧光法和高通量测序法）基因座分 型结果列表
[0157]
[0161] St:Stutter allele的简写，表示由于DNA聚合酶滑落产生的噪音。
[0162]
[0165] 以随机选取的样品ID001和ID002为例，由上表9可知，高通量测序结果与目前公 认的多色荧光法的结果一致（因多色荧光法不能检测的基因型无法比较，故除外），而其他 样品的检测结果也一致，在此不再一一列出。并且，本方法可以得到样品的STR基因的具体 序列。
[0166] 具体地，高通量测序法以不同allele读数百分比为观察值，多色荧光法以不同 allele峰高百分比为期望值，两份样品中所有位点的P值均大于0. 05,说明两种方法的检 测结果基本一致，现行的多色荧光法的分型标准（包括背景噪音、纯合型和杂合型的界定 标准）对于高通量测序法也是基本可行的。
[0167] 与多色荧光法相比，高通量测序法可以检测DNA序列的微变异，其可以显示STR位 点及其侧翼DNA序列的微小变异，是一种更加精确、有效的检测人类STR基因座的手段。
[0168] 在本说明书的描述中，参考术语"一个实施例"、"一些实施例"、"示例"、"具体示 例"、或"一些示例"等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特 点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不 一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何 的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
[0169] 尽管已经示出和描述了本发明的实施例，本领域的普通技术人员可以理解：在不 脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本 发明的范围由权利要求及其等同物限定。
【主权项】
1. 一组DNA标签，其选自SEQIDNO:1-95所示的核苷酸。2. -组PCR引物，其选自SEQIDNO:96-135所示的核苷酸。3. 一组标签PCR引物，其是通过将选自权利要求1所述的一组DNA标签中的任意一种 连接至权利要求2所述的一组PCR引物的5'末端而获得的。4. 一种构建核酸测序文库的方法，其特征在于，包括以下步骤： 将DNA样品进行多重PCR扩增，以便获得PCR扩增产物，其中所述多重PCR扩增采用权 利要求3所述的一组标签PCR引物进行；以及 纯化回收所述PCR扩增产物，所述PCR扩增产物构成所述核酸测序文库， 任选地，进一步包括：将所述核酸测序文库依次进行末端修复、3'末端添加碱基A、连 接测序接头以及纯化回收连接产物的步骤。5. -种确定DNA样品预定STR基因座基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤： 根据权利要求4所述的方法，构建所述DNA样品的核酸测序文库； 对所述核酸测序文库进行测序，以便确定所述DNA样品预定STR基因座的序列信息；以 及 基于所述DNA样品预定STR基因座的序列信息，确定所述DNA样品的预定STR基因座 基因型， 任选地，利用Solexa、SOLID、单分子和454测序平台的至少一种对所述核酸测序文库 进行测序， 任选地，所述预定STR基因座为D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1P0、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA、D6S1043、D12S391、 PentaD、PentaE和Amelogenin的至少一种。6. 根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述DNA样品为多种，所述多种为2-95 种，所述方法包括以下步骤： 针对所述多种DNA样品的每一种，分别独立地根据权利要求4所述的方法构建所述DNA样品的核酸测序文库，其中，不同的DNA样品采用相互不同的DNA标签； 将所述多种DNA样品的核酸测序文库进行混合，以便获得核酸测序文库混合物； 对所述核酸测序文库混合物进行测序，以便获得所述DNA样品预定STR基因座的序列 信息以及所述DNA标签的序列信息； 基于所述DNA标签的序列信息对所述DNA样品预定STR基因座的序列信息进行分类， 以便确定所述多种DNA样品的预定STR基因座的序列信息；以及 基于所述多种DNA样品的预定STR基因座的序列信息，分别确定所述多种DNA样品的 预定STR基因座基因型。7. -种用于确定DNA样品预定STR基因座基因型的试剂盒，其特征在于，包括： 一组DNA标签，所述DNA标签选自SEQIDNO: 1-95所示的核苷酸；以及 一组PCR引物，所述PCR引物选自SEQIDNO:96-135所示的核苷酸。8. -种用于确定DNA样品预定STR基因座基因型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒设 置有权利要求3所述的一组标签PCR引物。9. 一种确定DNA样品预定STR基因座基因型的系统，其特征在于，包括： 文库构建装置，所述文库构建装置用于根据权利要求4所述的方法构建所述DNA样品 的核酸测序文库； 测序装置，所述测序装置与所述文库构建装置相连，用于对所述核酸测序文库进行测 序，以便获得测序结果；以及 分析装置，所述分析装置与所述测序装置相连，用于基于所述测序结果，确定所述DNA样品的预定STR基因座基因型， 其中，所述测序结果包括所述DNA样品预定STR基因座的序列信息， 任选地，所述测序装置选自Solexa、SOLID、单分子和454测序平台的至少一种， 任选地，所述预定STR基因座为D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1P0、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA、D6S1043、D12S391、 PentaD、PentaE和Amelogenin的至少一种。10.根据权利要求9所述的系统，其特征在于，当所述DNA样品为多种，所述多种为 2-95种时， 所述文库构建装置用于针对所述多种DNA样品的每一种，分别独立地根据权利要求4 所述的方法构建所述DNA样品的核酸测序文库，并将所述多种DNA样品的核酸测序文库进 行混合，以便获得核酸测序文库混合物，其中，不同的DNA样品采用相互不同的DNA标签； 所述测序装置用于对所述核酸测序文库混合物进行测序，以便获得测序结果，所述测 序结果包括DNA样品预定STR基因座的序列彳目息以及所述DNA标签的序列彳目息； 所述分析装置用于基于所述DNA标签的序列信息对所述DNA样品预定STR基因座的序 列信息进行分类，以便确定所述多种DNA样品的预定STR基因座的序列信息，进而基于所述 多种DNA样品的预定STR基因座的序列信息，分别确定所述多种DNA样品的预定STR基因 座基因型。
【专利摘要】本发明公开了DNA标签、PCR引物及其应用，其中一组DNA标签，其选自SEQ？ID？NO：1-95所示的核苷酸，能够用于构建核酸测序文库，以精确地对核酸测序文库进行区分。利用本发明的DNA标签和PCR引物构建标签PCR引物，进而利用该标签PCR引物，根据本发明的确定多种DNA样品预定STR基因座基因型的方法，一次性最多能够实现95种DNA样品的STR检测。
【IPC分类】C12M1/34, C40B50/06, C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105316320
【申请号】CN201410377818
【发明人】张俊青, 刘玉强, 程秀, 穆豪放, 陈祖煜, 吴仁花, 易鑫, 杨玲
【申请人】天津华大基因科技有限公司, 深圳华大基因医学有限公司
【公开日】2016年2月10日
【申请日】2014年7月30日