制备与筛选改变特异性蛋白酶的方法_2

文档序号:8313301阅读:来源:国知局
受体、成纤维细胞生长因子、成纤维 细胞生长因子受体、内皮生长因子、内皮生长因子受体、转化生长因子、转化生长因子受体、 Her2、CCR1、CXCR3、CCR2、Src、Akt、B细胞受体-Abl、膜高血糖素合酶激酶-3、细胞周期蛋 白依赖性激酶-2 (C化-2)或者细胞周期蛋白依赖性激酶-4 (C化-4)。
[0021] 除非另做规定,本文中所用的全部技术与科学名词具有与本发明所属领域普通技 术人员通常理解相同的含义。尽管与文中所述相似或者等效的方法与材料能够用于实施或 者测试本发明,但是适合的方法与材料将在下文中描述。文中所提及的全部出版物、专利申 请、专利,W及其它参考文献通过在此引述其全部内容合并于本文。如果出现冲突,W包括 定义的本发明为准。此外,材料、方法、与实施例仅仅是说明性的,不用于限定本发明的保护 范围。
[0022] 通过下文的详细描述与权利要求,本发明的其它特征与优点将会显而易见。
[0023] 附图的详细描述
[0024] 图1是半脱天冬酶-3的氨基酸序列示意图,W及包括半脱天冬酶3氨基酸序列 (序列编号NO; 1)的表。
[002引图2是X光晶体照相图,集中展示了由I99A/N218A粒酶B断裂半脱天冬酶3惰性 序列的结构;W及展示了半脱天冬酶3惰性序列位点氨基酸序列(序列编号NO ;2)的图形。
[0026] 图3A展示了一组条形图,展示了野生型粒酶B的底物特异性对应于I99A/N219A 粒酶B在P2、P3和P4的底物特异性。图3B展示了包括从图3A图形获得动力学数据的表。
[0027] 图4展示了一组MLDI质谱分析一种肤的图形,在野生型和I99A/N219A粒酶B存 在下此肤对应于半脱天冬酶3的惰性序列。
[0028] 图5描绘了由野生型和I99A/N219A粒酶B断裂半脱天冬酶3小亚基所得产物的 SDS PAGE凝胶显示带。
[0029] 图6A展示了,在野生型粒酶B和I99A/N219A粒酶B存在下随时间标绘的图形。图 6B展示了,在野生型粒酶B和I99A/N219A粒酶B存在下半脱天冬酶3活性的Vmax。
[0030] 图7A展示了,如同在I99A/N218A粒酶B存在下测定半脱天冬酶3活性,标绘了 在细胞溶胞产物中编程性细胞死亡的条形图。图7B展示了,如同在野生型粒酶B和I99A/ N218A粒酶B浓度增加条件下测定半脱天冬酶3活性,标绘了在细胞溶胞产物中编程性细胞 死亡的条形图。
[0031] 发明详述
[0032] 在详细阐述本发明W前,先定义文中所用的某些名词。
[0033] 名词"等位基因变异体"指的是占据相同染色体基因座的任何两种或者多种基因 替换形式。等位基因变异体通过变异自然产生,从而在种群中产生表型多态性。基因变异 可W是沉默的(在编码的多肤中没有改变),或者可W编码带有改变氨基酸序列的多肤。本 文中名词"等位基因变异体"也可W用于表示由基因的等位基因变异体编码的蛋白。
[0034] 名词"多核巧酸分子的补体"表示,与参考序列相比具有补充碱基序列并反方向排 列的多核巧酸分子。例如,序列5' ATGCACGGG3'与序列5' CCCGTGCAT3'是互补的。
[0035] 名词"简并核巧酸序列"表示了包括一个或者多个简并密码子的核巧酸序列(与 编码多肤的参考多核巧酸分子相比)。简并密码子含有核巧酸的不同=联体,但是都编码相 同的氨基酸残基(即,GAU和GAC S联体都编码了 Asp)。
[0036] "DNA结构"是单链或者双链、直线型或者环型的DNA分子,其中含有W本质不可知 方式结合并且并列的DNA片段。DNA结构是W人类操作的结果存在的,并且包括操作分子的 克隆和其它拷贝。
[0037] "DNA片段"是具有特定属性的大型DNA分子的一部分。例如,编码特定多肤的DNA 片段是更长DNA分子的一部分,例如质粒或者质粒片段,当5'向3'方向读取时,此DNA片 段编码了特定多肤的氨基酸序列。
[003引名词"表达载体"表示一种DNA结构,其中包括编码了与附加片段可操作连接的重 要多肤的片段,此附加片段可W使重要多肤在宿主细胞内实现转录。该种附加片段可W包 括启动子和终止子序列,还可W任意包括一个或者多个复制起点、一个或者多个可选择的 标记、加A信号等。通常,表达标记来源于质粒或者病毒DNA,或者可W包括来自两种来源的 元件。
[0039] 名词"离析",当应用于多核巧酸分子时,表示已经从天然的遗传环境取出的多核 巧酸,因此不含有其它外部的不需要的编码序列,并且W遗传工程蛋白生成系统内适合应 用的形式存在。该样的离析分子是从天然环境中分离出来的分子,包括cDNA和基因克隆, 化及合成的多核巧酸。本发明的离析DNA分子可W包括天然的5'和3'未翻译的区域,例 如启动子和终止子。相关区域的识别对于本领域普通技术人员显而易见(参加例如,Dynan 和Tijan,《自然》1985年第316期第774-778页)。当施用于蛋白时,名词"离析"表明 了除了天然环境W外条件下出现的蛋白,例如从血液和动物组织中分离的蛋白。在优选形 式下,离析蛋白基本不含有其它蛋白,特别是动物源的其它蛋白。优选的是,提供高纯度形 式的蛋白,即至少90%纯度,优选的是大于95%纯度,更优选的是大于99%纯度。
[0040] 当设及DNA片段时,名词"可操作地连接"表示,片段经过排列共同起到了预定用 途的作用,例如转录由启动子引发通过编码部分进行到终止子。
[0041] 名词"同源"表示从一个物种获得的多肤或者蛋白,该样的多肤或者蛋白是来自不 同物种多肤或者蛋白的功能相似物。同源之间的序列差异是物种形成的结果。
[0042] 名词"多核巧酸"表示从5'到3'末端读取的脱氧核糖核酸或者核糖核巧酸的单 链或者双链聚合物。多核巧酸包括RNA和DNA,可W从天然来源离析获得,从生命体外合成 获得,或者由天然和合成的分子组合制备而成。本文中根据核巧酸(缩写"nt")或者碱基 对(缩写"bp")的数量给出了多核巧酸分子的长度。当上下文一致时,名词"核巧酸"可作 为单链或者双链分子。当此名词施用于双链分子时,可W用于表明整个长度;可W理解与名 词"碱基对"等价。本领域技术人员可W认定,双链多核巧酸的两条链在长度上略有差别, 作为酶断裂的结果两条链末段交错排列;因此,双链多核巧酸分子内的所有核巧酸并非全 部成对。通常,该种不成对的末端长度不超过20nt。
[0043] 名词"启动子"表明了含有DM序列、结合RNA聚合酶并启动转录的基因部分。启 动子序列通常但不总出现在5'基因的非编码区域。
[0044] 名词"蛋白酶"是一种断裂蛋白肤键的酶。"蛋白酶前体"是该种酶的相对惰性形 式,通常基于另一种蛋白酶的断裂获得活化。
[0045] 名词"分泌信号序列"表示作为更大型多肤的一部分、编码多肤("分泌肤")的 DNA序列,并且引导更大型多肤通过其合成细胞的分泌通道。通常,在通过分泌通道的输送 过程中更大型多肤发生断裂脱掉了分泌肤。
[0046] 名词"底物序列"表示由蛋白酶特异性祀向断裂的序列。
[0047] 名词"祀蛋白"表示由蛋白酶特异性断裂其底物序列的蛋白。
[0048] 名词"S1-S4"指的是构成底物序列结合袋的蛋白酶残基。它们从识别位点N末 端到蛋白酶解位点的裂开键顺序编号。
[0049] 名词"P1-P4"和叩r -P4'"指的是与上述S1-S4残基特异性相互作用的断 裂肤。P1-P4通常含有底物序列。P1-P4位于断裂位点N-末
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