端侧的位置，而P1' 一P4' 位于断裂位点N-末端侧的位置（参见图2)。
[0化0] 名词"支架"指的是产生各种变异的现有蛋白酶。通常，该些变异改变了支架的特 异性与活性。
[0化1]"离析的"或者"提纯的"多肤或者蛋白或者其生物活性部分基本不含有来自获得 蛋白酶蛋白的细胞或者组织源的细胞材料或者污染蛋白，当化学合成时基本不含有化学前 体或者其它化学品。术语"基本不含有细胞材料"包括蛋白酶蛋白的制品，其中蛋白从其离 析或者重组生成的细胞的细胞成分分离获得。在一【具体实施方式】中，术语"基本不含有细胞 材料"包括含有小于30% (干重）非蛋白酶蛋白（文中也称为"污染蛋白"）的蛋白酶蛋白 制品，优选的是含有小于大约20%的非蛋白酶蛋白，更优选的是含有小于大约10%非蛋白 酶蛋白，最优选的是含有小于大约5 %的非蛋白酶蛋白。当蛋白酶蛋白或者其生物活性成分 是重组产生的时，优选的是基本不含有培养介质，即在蛋白酶蛋白制品体积中培养介质占 到小于大约20%，更优选的是小于大约10%，最优选的是小于大约5%。
[0052] 术语"基本不含有化学前体或者其它化学品"包括蛋白酶蛋白制品，其中蛋白是从 设及此蛋白合成的化学前体或者其它化学品中分离获得。在一【具体实施方式】中，术语"基本 不含有化学前体或者其它化学品"包括含有小于大约30% (干重）化学前体或者非蛋白酶 化学品的蛋白酶蛋白制品，优选的是含有小于大约20%的化学前体或者非蛋白酶化学品， 更优选的是含有小于大约10%的化学前体或者非蛋白酶化学品，最优选的是含有小于大约 5 %化学前体或者非蛋白酶化学品。
[0053] 本发明设及制备并筛选在特定底物序列断裂祀蛋白的蛋白酶的方法。蛋白酶是识 别祀蛋白内氨基酸或者氨基酸底物序列的蛋白降解酶。基于识别底物序列，蛋白酶催化了 祀蛋白内肤键的水解或者断裂。基于肤键在祀蛋白全长序列范围内的位置，该种祀蛋白的 水解可W使其纯化。通过蛋白质工程可W改变蛋白酶的特异性。如果蛋白酶设计成识别祀 蛋白内底物序列或者（1)改变功能的蛋白，即通过基于催化肤键水解使祀蛋白纯化，并且 (2)认定或者并未认定，祀蛋白是特殊疾病或者多种疾病的分子介入点，那么工程蛋白酶具 有通过蛋白水解-介导的治疗效果。特别是，蛋白酶可W设计成断裂跨膜与细胞因子结合 区域之间的受体。因此，起到将蛋白受体栓在细胞表面或者环区域的茎状区域从多肤链的 球状结构功能区分开。
[0054] 在一【具体实施方式】中，需要断裂的祀蛋白设及病症，并且在特定底物序列断裂祀 蛋白可W用于治疗上述病症。
[0055] 在一【具体实施方式】中，蛋白酶断裂了设及类风湿性关节炎的蛋白。例如，蛋白酶断 裂了在跨膜功能区域与细胞因子结合功能区域之间的肿瘤坏死因子受体。该种断裂可w纯 化上述受体。因此，通过抑制肿瘤坏死因子（TN巧的作用可W治疗类风湿性关节炎。
[0056] 蛋白酶断裂了与活化蛋白C相同的祀蛋白。该种断裂可W减弱凝血级联。因此， 通过补充蛋白C的作用可W治疗败血症。
[0057] 蛋白酶断裂了造成致肿瘤性的细胞表面分子，防止了癌症的扩散。例如，断裂细胞 表面分子可W纯化其传递胞外信号的能力，特别是细胞增生信号。没有该些信号，癌症细胞 通常不能增殖。因此，本发明蛋白酶可W用于治疗癌症。在此【具体实施方式】的另一方面，蛋 白酶可W断裂造成癌症扩散的任何目标蛋白。断裂设及细胞循环进程的祀细胞，可W纯化 祀细胞允许细胞循环进行的能力。在没有细胞循环进程的情况下，癌细胞就不能增殖。因 此，本发明蛋白酶可W用于治疗癌症。
[0化引在本发明的另一【具体实施方式】中，蛋白酶断裂了由人类免疫缺陷病毒化IV)、呼吸 道合胞病毒化SV)、或者流行性感冒发现的膜融合蛋白，抑制了该些病毒感染细胞的能力。 在没有上述膜蛋白的情况下，该些病毒不能够感染细胞。因此，蛋白酶可W用于治疗或者预 防HIV、RSV或者流行性感冒的感染。
[0化9] 在本发明的另一【具体实施方式】中，蛋白酶断裂了设及炎症的细胞因子或者受体， 用于治疗哮喘或者与炎症有关的其它病症。通过断裂细胞因子或者受体，蛋白酶可W纯化 设及许多炎症过程的信号级联。因此，本发明蛋白酶可W用于治疗炎症和相关病症。
[0060] 在本发明的另一【具体实施方式】中，蛋白酶断裂了设及多种信号级联的信号分子， 包括负责调节编程性细胞死亡的信号级联。例如，蛋白酶断裂了半脱天冻酶。例如，半脱天 冬酶可W是半脱天冬酶-3。通过断裂设及信号级联的蛋白，蛋白酶可W用于纯化或者调节 信号级联。
[0061] 在一些实施例中，工程蛋白酶可W设计成断裂表1中的任何祀蛋白，由此纯化此 蛋白的活性。通过断裂一种祀蛋白，蛋白酶可W用于治疗与此蛋白有关的病症。
[0062] 表 1
[0063]
【主权项】
1. 一种修饰的蛋白酶或其生物学活性部分，其在野生型蛋白酶支架中包含突变，其 中： 所述突变位于选自如下氨基酸位置的氨基酸位置：由胰凝乳蛋白酶编号的氨基酸位置 99、171、174、180、189、190、191、215、217、218 和 226 ; 所述野生型蛋白酶支架是选自如下的丝氨酸蛋白酶：胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、枯草杆 菌蛋白酶、凝血酶、纤溶酶、凝血因子Xa、尿激酶型纤溶酶原激活物（uPA)、组织纤溶酶原激 活物（tPA)、膜型丝氨酸蛋白酶-I (MT-SPl)、粒酶A、粒酶B、粒酶M、弹性蛋白酶、糜蛋白酶、 中性白细胞弹性蛋白酶、血浆激肽释放酶、尿激酶型纤溶酶原激活物、组织蛋白酶G、补体因 子丝氨酸蛋白酶弗林蛋白酶、人类型testisin(PRSS21)、类胰蛋白酶β I(TPSBl)、激肽释 放酶hK5(KLK5)、Corin、激肽释放酶12 (KLK12)、DESCl蛋白酶、类胰蛋白酶γ I(TPSGl)、 激肽释放酶hK14(KLK14)、透明质酸-结合丝氨酸蛋白酶、跨膜蛋白酶丝氨酸4(TMPRSS4)、 类胰蛋白酶S (TPSDl)、Marapsin、类胰蛋白酶同系物2、类胰蛋白酶同系物3、类胰蛋白 酶染色体21、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、激肽释放酶hK15、Mername-AA031肽酶、膜 类型嵌合体丝氨酸蛋白酶、Mername_AA038肽酶、Mername_AA128肽酶、阳离子型胰蛋白酶 (PRSSl)、中性白细胞弹性蛋白酶（ELA2)、甘露聚糖-结合凝集素-相关丝氨酸蛋白酶-3、 组织蛋白酶G(CTSG)、成髓细胞蛋白酶PRTN3、类胰蛋白酶α、粒酶K、粒酶H、胰凝乳蛋白 酶Β、胰弹性蛋白酶、胰内肽酶Ε、肠肽酶、胰凝乳蛋白酶C、前列腺蛋白酶、激肽释放酶1、 激肽释放酶hK2、激肽释放酶3、内消旋胰蛋白酶、补体因子D、补体成分激活的clr、补体 成分激活的cls、补体成分2 (C2)、补体因子B、甘露聚糖-结合凝集素-相关丝氨酸蛋白 酶-I(MASPl)、补体因子I、胰内肽酶E B型（B)、胰弹性蛋白酶II B型、凝结因子Xlla、血 浆激肽释放酶、凝结因子XIa、凝结因子Xa和凝血酶； 相比于野生型蛋白酶支架，所述突变增加了修饰的蛋白酶对于涉及疾病或病理的靶蛋 白中底物序列的断裂活性和/或特异性； 所述修饰的蛋白酶对于靶蛋白中底物序列的特异性不同于野生型蛋白酶支架的特异 性； 所述修饰的蛋白酶保留了蛋白酶解活性；以及 所述对于靶蛋白中底物序列的断裂活性和/或特异性对于所述蛋白酶是新的。
2. 权利要求1的修饰的蛋白酶或其生物学活性部分，其中所述野生型蛋白酶支架是 MT-SPl 或 uPA。
3. 权利要求1或2的修饰的蛋白酶或其生物学活性部分，其中所述靶蛋白选自细胞因