棉纤维发育相关的GhDUF231L1基因克隆与鉴定的制作方法_2

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织中的表达活性,从而间接证明了其在棉纤维细胞次生壁发育中的功能表达。
[0015] 2.GhDUF231Ll蛋白定位于细胞膜上,表明该蛋白极有可能参与到细胞壁的建成及 修饰过程中。
[0016] 3.在拟南芥中过量表达GhDUF231Ll基因,导致转基因植株生长加快,株高增加, 细胞壁纤维素含量升高,次生细胞壁中单糖组分含量发生改变。这表明GhDUF231Ll参与调 控植物次生细胞壁的建成,可能在棉纤维细胞次生壁合成过程中发挥重要调控功能。
【附图说明】:
[0017] 图1实时定量RT-PCR分析GhDUF231Ll在棉花组织及不同发育阶段的纤维中的表 达。
[0018] 图2GhDUF231Ll启动子及其顺式作用元件的表达活性分析。A-F,GhDUF231Ll启 动子:⑶S转基因拟南芥的⑶S活性的组织化学染色分析。A.生长6天的转基因拟南芥小 苗;B.生长12天的转基因拟南芥小苗;C.生长6周的转基因拟南芥植株叶片;D.生长6周 的转基因拟南芥植株的茎;E.生长6周的转基因拟南芥植株的荚果;F.生长6周的转基因 拟南芥植株的花。G-K,转基因拟南芥茎横切切片的⑶S活性染色分析。G.GhDUF231Ll基 因启动子在拟南芥茎中的表达模式;H.GhDUF231Ll基因启动子区域所含顺式作用元件在 拟南芥茎中的表达模式;I.GhDUF231Ll基因启动子缺失其中一个顺式作用元件后在拟南 芥茎中的表达模式;J.GhDUF231Ll基因启动子缺失另外一个顺式作用元件后在拟南芥茎 中的表达模式;K.GhDUF231Ll基因启动子缺失两个顺式作用元件后在拟南芥茎中的表达 模式。
[0019]co,皮层;if,束间纤维;ph,韧皮部;ve,导管元件;pi,髓;NBS1和NBS2,两个 顺式作用元件;ANBS1,缺失第一个顺式作用元件;ANBS2,缺失第二个顺式作用元件; ANBS1NBS2,缺失两个顺式作用元件;5xNBS2, 5个NBS2顺式作用元件串联。
[0020] 图3GhDUF231Ll基因结构及其亚细胞定位分析。A.GhDUF231Ll基因结构图;B.暗 视野下GhDUF231Ll:eGFP融合蛋白在烟草叶片表皮细胞中的表达荧光;C.明视野下同一烟 草叶片表皮。图中箭头所指即为绿色荧光所在位置,即融合蛋白所在位置。
[0021] 图4过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥植株表型分析。
[0022] A.过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥在DNA水平上的PCR检测分析。 11&^1?^;-.阴性对照;11',野生型 ;1-6,6个随机选取的过量表达611〇耶23111转基因 拟南芥植株株系。B.过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥在RNA水平上的RT-PCR检测分 析。WT,野生型;LI-L4,4个过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥株系;AtActin2,拟南芥 Actin2基因内参。C.过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥表型。WT,野生型;tbl3,拟南芥 TBL3突变体;2310EL3和2310EL4,两个过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥株系。
[0023] 图5过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥植株茎中纤维素含量分析。
[0024]A.纤维素含量的标准曲线;B.过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥茎中纤维素含 量分析。WT,野生型;tbl3,拟南芥TBL3突变体;LI-L4,4个不同的过量表达GhDUF231Ll 转基因拟南芥株系。
[0025] 图6.过量表达GhDUF231Ll转基因拟南芥茎中细胞壁单糖组分分析。
[0026] WT,野生型;tbl3,拟南芥TBL3突变体;DUF2310E,过量表达GhDUF231Ll转基因拟 南芥植株;星号表示统计分析证明与野生型相比,二者有显著差异(P〈〇. 05)。
【具体实施方式】:
[0027] 本发明通过以下附图和实施方式作进一步阐述,但不限制本发明的范围。
[0028] 一个棉花DUF231家族成员GhDUF231Ll基因全长序列的克隆鉴定和功能分析:
[0029] 1.GhDUF231Ll基因序列及其cDNA序列的分离鉴定
[0030] 利用生物信息学方法筛查棉花基因组公共数据库,分析鉴定了GhDUF231Ll基因 序列。提取棉花基因组DNA,设计特异引物GhDUF231L10E-up(CTITCTAGAATGAGCITTGCGGCAT CTCCT)和GhDUF231L10E-dn(CTTCTCGAGCTACAAATGTGCCAAAAATAITC),利用PCR技术分离克 隆了GhDUF231Ll基因。提取了开花后20天(20DPA)的棉纤维RNA,反转录成cDNA,利用PCR 技术分离克隆了GhDUF231Ll的cDNA全长序列。分别对其进行DNA测序验证。GhDUF231Ll 基因DNA序列如SEQ.ID.No. 1所示,cDNA全长序列如SEQ.ID.No. 2所示。
[0031] 序列分析表明,该基因编码区(0RF)由5个外显子组成,其间插入了 4个内含子。 其中,第一个内含子长97bp,插入第146位氨基酸密码子内;第二个内含子长131bp,插入第 236位氨基酸密码子内;第三个内含子长94bp,插入第345位氨基酸密码子内;第四个内含 子长85bp,插入第429与430位氨基酸密码子之间。GhDUF231Ll基因结构图如图3A。
[0032]GhDUF231Ll的cDNA包含了一个1293bp的开放阅读框,编码一个含有430氨基酸 的蛋白质,其氨基酸序列如SEQ.ID.No. 3所示。该蛋白的N端包含一个跨膜结构域和TBL 结构域,而C端则含有一个典型的DUF231结构域。通过同源进化分析发现,该蛋白与拟南 芥TBL3同源性较高。已有研宄表明,AtTBL3能够调控拟南芥果胶甲基酯化酶的活性,进而 影响次生细胞壁中纤维素的含量,这暗示GhDUF231Ll可能在棉纤维中发挥着类似的功能。
[0033] 2.定量RT-PCR分析GhDUF231Ll基因的表达
[0034] 提取棉花组织总RNA(按LiXB,CaiL,ChengNH,LiuJW, 2002.Molecular characterizationofthecottonGhTUBlgenethatpreferentiallyexpressedin fiber.PlantPhysiol. 130:666-674进行),采用实时荧光定量RT-PCR技术研宄基因 表达(按照LiXB,FanXP,WangXL,CaiL,YangWC,2005.TheCottonACTIN1gene isfunctionallyexpressedinfibersandparticipatesinfiberelongation. PlantCell17:859 - 875 进行)。首先,利用反转录酶(M-MLVRNaseFReverse Transcriptase,Promega)将棉花不同组织(包括根、下胚轴、子叶、花瓣、花药、开花 后2天、3天和10天的胚珠、开花后6天、9天、12天、15天、18天和20天的纤维)的总 RNA(2yg/样品)反转录成cDNA;然后,以cDNA为模板,用基因特异引物GhDUF231LlRT-u p(CAGCAGTTGCCTACCAAATAG)和GhDUF231LlRT-dn(ACCACACTCATCATCTCCTTG)和Real-time PCRMasterMix(T0Y0B0,Japan)进行定量PCR反应。棉花GhUBIl基因作为RT-PCR反 应的内标(引物序列分别为GhUBIRT-up:CTGAATCTTCGCTITCACGTTATC和GhUBIRT-dn: GGGATGCAAATCTTCGTGAAAAC),目标基因每一个循环的扩增都被SYBR-Green荧光检测。每 个基因的表达水平相对值按公式Y=10AGt/3 57X100%计算(其中ACt=CtGhUB11 -CtGhDUF231Ll,3. 57是利用GhUBIl制备的标准曲线y= -0. 28x+9. 87中斜率的倒数,表示 基因表达相差10倍的PCR循环数)。重复3次,统计分析实验结果(见图1)。结果显示 GhDUF231Ll基因在开花后15 - 20天的棉纤维中优势高量表达,表明该基因可能参与棉纤 维细胞次生壁合成的调控过程。
[0035] 3.GhDUF231Ll基因启动子的分离克隆及表达活性分析
[0036] GhDUF231Ll基因启动子分离克隆按照基因组步移法(TakaraGenomeWalking Kit)进行。根据GhDUF231Ll基因的DNA序列,设计出退火温度较高,同向且特异的引物,以 及退火温度较低的兼并引物,以棉花基因组DNA为模板,进行不对称PCR反应。一般情况下,
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