Tec家族激酶抑制剂疗法的伴随诊断的制作方法
【专利说明】
[0001] 相关申请
[0002] 本申请要求2012年10月11日提交的美国临时专利申请No. 61/712,675的优先 权的权益，该专利申请全文以引用方式并入本文。
技术领域
[0003] 本文描述了与包括施用TEC家族激酶抑制剂的疗法结合使用的伴随诊断方法和 试剂盒。
【背景技术】
[0004] TEC激酶家族是非受体蛋白酪氨酸激酶（PTK)的亚家族。TEC激酶家族由五个成员 组成，分别是TEC、BTK(布鲁顿酪氨酸激酶）、ITK(白介素2诱导的T细胞激酶）/EMT/TSK、 BMX和TXK/RLK。该家族的特有特征是存在普列克底物蛋白同源性（PH)结构域，已知该结 构域与磷脂酰肌醇结合。TEC家族激酶参与磷酸酪氨酸介导的和磷脂介导的信号转导系统。 许多TEC家族蛋白质在造血组织中大量表达，并在血细胞的生长和分化过程中发挥着重要 作用。BTK基因的突变在人类中导致X染色体连锁无丙种球蛋白血症（XLA)并在小鼠中导 致X染色体连锁免疫缺陷（Xid)，这表明BTK活性对于B细胞个体发生不可或缺。ITK对于 Th2和Thl7细胞的发育和效应子功能具有功能上的重要意义。此外，已表明TEC家族激酶 参与细胞因子受体、淋巴细胞表面抗原、异源三聚G蛋白偶联受体和整联蛋白分子的细胞 内信号转导机制。已开发出TEC激酶抑制剂来治疗与TEC家族激酶的活化相关联的多种疾 病，包括癌症、自身免疫障碍和炎症性疾病。
【发明内容】
[0005] 本文描述了与包括施用TEC家族激酶抑制剂的疗法结合使用的伴随诊断方法和 试剂盒。在一些实施例中，所提供的伴随诊断方法涉及TEC激酶家族的一种或多种抑制剂 的蛋白质占有率测定法。因此，本文描述了TEC激酶家族的激酶抑制剂的蛋白质占有率测 定法。本文还描述了TEC激酶家族的不可逆激酶抑制剂的蛋白质占有率测定法。本文还描 述了TEC激酶家族的可逆激酶抑制剂的蛋白质占有率测定法。在一些实施例中，TEC激酶家 族抑制剂为TEC激酶家族的一种或多种激酶的抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制 剂为BTK、ITK、BMX、TXK、TEC或它们的任意组合的抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族 抑制剂为TEC激酶家族的一种或多种激酶的抑制剂同时也是一种或多种结构同源激酶的 抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制剂为TEC激酶家族的一种或多种激酶的抑制剂 同时也是一种或多种结构同源酪氨酸激酶（例如，具有结构同源活性位点的激酶）的抑制 剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制剂为TEC激酶家族的一种或多种激酶的抑制剂同时 也是EGFR家族的激酶的抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制剂为TEC激酶家族的 一种或多种激酶的抑制剂同时也是HER1 (EGFR、ErbBl)、HER2/c-neu(ErbB2)、HER3 (ErbB3) 和HEIM(ErbB4)、或JAK3的抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制剂为TEC激酶家族 的一种或多种激酶的抑制剂同时也是SRC家族酪氨酸激酶的抑制剂。在一些实施例中，TEC激酶家族抑制剂为TEC激酶家族的一种或多种激酶的抑制剂同时也是B淋巴激酶（BLK)的 抑制剂。本文还描述了用于所提供的蛋白质占有率测定法中的示例性试剂和探针。
[0006] 本文在某些实施例中描述了为ELISA探针测定法的蛋白质占有率测定法。在一些 实施例中，ELISA探针测定法是用于确定尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的TEC家族激酶 的相对量的基于板的电化学发光测定法。在一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂为不可逆 的TEC家族激酶抑制剂。例如，在一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂结合到TEC家族激酶 的活性位点并与半胱氨酸残基形成二硫键。在一些实施例中，所述测定法涉及将探针结合 到尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的TEC家族激酶。在一些实施例中，探针包括经由连接 基（例如，长链连接基）连接到可检测标签（例如，生物素）的TEC家族激酶抑制剂。在一 些实施例中，TEC家族激酶抑制剂为BTK抑制剂。在一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂为 不可逆的BTK抑制剂。在一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂为依鲁替尼（ibrutinib)。在 一些实施例中，探针为本文所述的化合物1-5,其由经由长链连接基连接到生物素的依鲁替 尼组成。用探针标记样品允许检测未被TEC家族激酶抑制剂占据的BTK。在一些实施例中， 与TEC家族激酶偶联的探针（即，探针结合的激酶）被包被链霉亲和素的板捕获。在一些 实施例中，过量的未偶联探针和探针结合的激酶竞争与链霉亲和素的结合。
[0007] 本文还描述了用于确定TEC激酶家族的抑制剂的功效的方法。本文还描述了在对 与TEC激酶家族的一个或多个成员的活化相关联的疾病进行治疗的过程中将蛋白质占有 率测定法用于诊断、预测、以及确定和修改治疗方案的方法，所述疾病包括其中对TEC激酶 家族的一个或多个成员的抑制为患有该病的患者提供治疗有益效果的疾病。在一些实施例 中，患者被诊断为患有与TEC家族激酶的异常活化相关联的疾病或障碍，比如癌症、自身免 疫障碍、和/或炎症性疾病。
[0008] 在一个方面，本文提供了包括基于板的系统的蛋白质占有率测定法。在一些实施 例中，基于板的蛋白质占有率测定法包括电化学发光测定法。
[0009] 本文描述了用于确定样品中尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的TEC家族激酶（例 如，未被抑制剂占据的活性位点）的量的方法。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中 尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的BTK的量。在一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂为BTK 抑制剂。在一些实施例中，BTK抑制剂为依鲁替尼。在一些实施例中，BTK抑制剂为AVL-292。 在一些实施例中，BTK抑制剂为0N0-WG-307。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中未 结合到依鲁替尼的TEC家族激酶的量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中未结合 到依鲁替尼的BTK的量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中未结合到依鲁替尼的 ITK的量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中未结合到依鲁替尼的BMX的量。在一 些实施例中，所述方法包括确定样品中未结合到依鲁替尼的TEC的量。在一些实施例中，所 述方法包括确定样品中未结合到依鲁替尼的T)(K的量。在一些实施例中，所述方法包括确 定样品中未结合到依鲁替尼的BLK的量。
[0010] 在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的 BTK激酶活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被TEC家族激酶 抑制剂结合的ITK激酶活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未 被TEC家族激酶抑制剂结合的BMX活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定 样品中尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的T)(K活性位点的数量。在一些实施例中，所述方 法包括确定样品中尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的TEC活性位点的数量。在一些实施例 中，所述方法包括确定样品中尚未被TEC家族激酶抑制剂结合的BLK活性位点的数量。在 一些实施例中，TEC家族激酶抑制剂抑制TEC激酶家族的两个或更多个成员。在一些实施 例中，TEC家族激酶抑制剂抑制BTK、ITK、BMX、TXK、TEC或它们的任意组合。在一些实施例 中，TEC家族激酶抑制剂抑制EGFR或SRC家族酪氨酸激酶。
[0011]在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的BTK激酶活性 位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的ITK激酶 活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的BMX 活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的T)(K 活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的TEC 活性位点的数量。在一些实施例中，所述方法包括确定样品中尚未被依鲁替尼结合的BLK 活性位点的数量。
[0012] 在一些实施例中，所述蛋白质占有率测定法包括使样品与探针接触，其中探针包 括经由连接基连接到标签的TEC家族激酶抑制剂；以及检测结合到探针的TEC家族激酶 (即，探针结合的激酶）。在一些实施例中，探针为依鲁替尼的衍生物，其中依鲁替尼经由连 接基连接到标签。在一些实施例中，标签为生物素或其衍生物。在一些实施例中，探针选自 如本文所述的式（I)、（II)或（III)的探针。在一些实施例中，探针选自如本文所述的探针 化合物1-1、1-2、1-3、1-4、或1-5。在一些实施例中，探针为探针化合物1-5。
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