基于柯丹靶点的comt基因突变检测方法,及其引物、试剂盒的制作方法_3

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2)延伸的条件,60°C 4min ;
[0190] 13)4°C保温;
[0191] 每一步的时间应从反应混合液达到所要求的温度后开始计算;
[0192] 测序产物纯化
[0193] 10μ1反应体系,96孔板,EDTA法;
[0194] 1)每管加入1μ1 125mMEDTA到管底,室温放置15min;
[0195]2) 10°C,4000rpm离心 30min,马上倒置,1200rpm离心lmin;
[0196]3)每管加入100μ1 70 %酒精,离心15min;5°C,3600rpm离心30min,马上倒置, 1200rpm离心lmin;
[0197] 4)室温挥发净酒精,加入10μ1Hi-Di Formamide溶解DNA;
[0198] 5)95°(:变性511^11,4°(:保温41^11,加样上机 ;
[0199] 7)测序纯化:ABIBigdyeXTerminatorpurificationkit;
[0200] PCR检测,包括:
[0201] 1)对照孔的设立和检测重复孔:样本检测同时设有对照实验,包括阴性对照;对 照和样本均采用复孔;
[0202] 在C0MT基因突变位点两端设计一对特异性引物;
[0203] 所述引物C0MT-F的核苷酸序列为:
[0204]5'-CCTACTGTGGCTACTCAGCTG-3',
[0205] 所述引物C0MT-R的核苷酸序列为:
[0206] 5'-CAGTGAACGTGGTGTGAACAC-3';
[0207] 所述引物PCR扩增出目的片段模板;
[0208] 所述目的片段的获取包括:以上述引物分别对人基因组DNA进行PCR扩增得到条 带单一的目的基因片段;将目的片段稀释至1万-10万倍,终浓度为10-20ng/ μ1,作为检 测阴性对照用;
[0209] 2) 25μ1反应体系检测:
[0210]
[0211] 混合均匀;所有样本混合完后,将ABIVeritiDxPCR系统仪器中进行程序性检 测;
[0212] 结果分析及判定:对PCR产物进行测序分析。
[0213] 所述PCR的反应条件:置ABI-2700型扩增仪中95°C预变性5min,94°C变性30sec, 61°C退火30sec,72°C延伸lmin,共循环35次,最后于72°C延伸lOmin。
[0214] 实施例4
[0215] 样本处理:取外周血2ml于EDTA抗凝管中,轻柔地颠倒混匀,4°C保存;
[0216]DNA提取,取200μ1抗凝血用试剂盒提取DNA,包括:
[0217] 1)加200μlBufferBL,震荡混合,于70°C孵育10分钟;
[0218] 2)加200 μ 1无水乙醇震荡混合约20秒;
[0219] 3) 12000rpm离心 1 分钟;
[0220] 4)取上清转入收集柱中,12000rpm离心2分钟;
[0221] 5)将收集柱置一个新的收集管上,加入500μ1HBsolution,室温放置5分钟;
[0222] 6) 12000rpm离心 2 分钟;
[0223] 7)加入 700μ1washBuffer,12000rpm离心 2 分钟;
[0224] 8)将收集柱置一个新的收集管上,加入700μ1washBuffer,12000rpm离心2分 钟;
[0225] 9)弃收集管内液体,12000rpm离心2min;
[0226] 10)将收集柱放入一个新的1. 5ml离心管内,加入50μ1 70°C预热的洗脱液,室 温放置l_2min,12000rpm离心2分钟,滤液即为模板DNA;
[0227] PCR扩增
[0228]PCR反应体系:
[0229] 10XPCR Buffer 2.5μ1;
[0230] HotStarTaq DNA Polymerase按kit标准调整;
[0231]dNTPmix2μ1 ;
[0232]上游引物PrimerU1μ1 ;
[0233]下游引物PrimerL1μ1 ;
[0234] DNA模板xμ1 ;
[0235] 灭菌蒸馏水25μ1 上述总体积;
[0236] PCR产物电泳:1. 5%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果;
[0237] PCR产物纯化
[0238] 每管内加入100μ1PCR-A液,混匀,转入纯化柱内,12000rpm离心2min;
[0239] 弃收集管内液体,加入700 μ1 washing buffer,12000rpm离心2min;
[0240]弃收集管内液体,加入400μ1 washing buffer,12000rpm离心2min;
[0241] 弃收集管内液体,12000rpm离心2min;
[0242] 柱内加入30μ1 70°C预热洗脱液,12000rpm离心3min;
[0243] 测序反应
[0244]反应体系:0·8μlBigDye+1.5μ1 BigDye Seq Buffer+3μ1引物+1μ1PCR纯化 产物+3.5μ1ddH20 ;
[0245] 测序PCR热循环条件:
[0246] 1)变性的条件,96°C1Osec;
[0247] 14)退火的条件,(首先 96°C10sec,其次 50°C5sec,然后 60°C4min)X25 个循 环;
[0248] 15)延伸的条件,60°C4min;
[0249] 16)4°C保温;
[0250] 每一步的时间应从反应混合液达到所要求的温度后开始计算;
[0251] 测序产物纯化
[0252] 10μ1反应体系,96孔板,NaAc法;
[0253] 1)每管加入1μ1 3MNaAc到管底,然后震荡混勾,室温放置15min;
[0254] 2) 10°C,4000rpm离心 30min,马上倒置,1200rpm离心lmin;
[0255] 3)每管加入100μ1 70 %酒精,离心15min;5°C,3600rpm离心30min,马上倒置, 1200rpm离心lmin;
[0256] 4)室温挥发净酒精,加入10μ1Hi-DiFormamide溶解DNA;
[0257] 5) 95°C变性 5min,4°C保温 4min,加样上机;
[0258] PCR检测,包括:
[0259] 1)对照孔的设立和检测重复孔:样本检测同时设有对照实验,包括阴性对照;对 照和样本均采用复孔;
[0260] 在C0MT基因突变位点两端设计一对特异性引物;
[0261] 所述引物C0MT-F的核苷酸序列为:
[0262]5'-CCTACTGTGGCTACTCAGCTG-3',
[0263] 所述引物C0MT-R的核苷酸序列为:
[0264] 5'-CAGTGAACGTGGTGTGAACAC-3';
[0265] 所述引物PCR扩增出目的片段模板;
[0266] 所述目的片段的获取包括:以上述引物分别对人基因组DNA进行PCR扩增得到条 带单一的目的基因片段;将目的片段稀释至1万-10万倍,终浓度为10-20ng/μ1,作为检 测阴性对照用;
[0267] 2) 25μ1反应体系检测:
[0268]
[0270] 混合均匀;所有样本混合完后,将ABIVeritiDx PCR系统仪器中进行程序性检 测;
[0271] 结果分析及判定:对PCR产物进行测序分析。
[0272] 所述PCR的反应条件:置ABI-2700型扩增仪中95°C预变性5min,94°C变性30sec, 61°C退火30sec,72°C延伸lmin,共循环35次,最后于72°C延伸lOmin。
[0273] 优选地,PCR缓冲液中各物质的浓度分别为10-40mMTriscl,50-200mM氯化钾 (KCL),0-5.0mM二硫苏糖醇(DTT),0-1.0mM乙二胺四乙酸二钠钙(EDTA),0-2.0% (V/V) 乙基苯基聚乙二醇0*)111(16〇?-40,0-2.0%(¥/^)吐温20〇^?^1120),30-70%&八)甘 油(glycerol),稳定剂(stabilizer) :ρΗ7· 0-10. 0(20 °C)。优选浓度为 20mMTriscl、 lOOmMKCL、lmMDTT、0.1mMEDTA、0.5% (V/V)NonidetΡ-40、0·5% (V/V)Tween20、50% glycerol(v/v),稳定剂,终pH值为9. 0。DNA模板为用常规方法从患者抗凝全血中提取获 得的DNA。
[0274]优选地,引物是单股寡脱氧核糖核苷酸。引物的合适长度取决于该引物的设计用 途,但在一般在15~25个核苷酸之间,较短的引物分子通常需要较低的温度,从而与模板 形成充分稳定的杂交复合物。引物不必反应模板的准确序列,但必须充分互补,已与模板杂 交并引发DNA合成。
[0275] 优选地,引物设计遵循原则:第一,引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异 性。第二,产物不能形成二级结构。第三,引物长度一般在15~30碱基之间。第四,G+C 含量在40%~60%之间。第五,碱基要随机分布。第六,引物自身不能有连续4个碱基的 互补。第七,引物之间不能有连续4个碱基的互补。第八,引物5'端可以修饰。第九,弓丨 物3'端不可修饰。第十,引物3'端要避开密码子的第3位。引物合成采用的方法为亚磷 酰胺三酯法,将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的 3'端向5'端合成的,相邻的核苷酸通过3' -5'磷酸二酯键连接。
[0276] 优选地,试剂盒包括:1)序列如SEQID NO:1、SEQID N0:2所示的引物;2)PCR反 应体系;3)分隔并集中包装这些试剂的瓶或管以及包装盒。
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