16种型别hpv病毒的检测引物、探针及试剂盒的制作方法_2

文档序号:9367952阅读:来源:国知局
-P:核苷酸序列如SEQIDN0:36 ;HPV58 型: 上游引物HPV58-F:核苷酸序列如SEQIDN0:37, 下游引物HPV58-R:核苷酸序列如SEQIDN0:38, Taqman荧光探针HPV58-P:核苷酸序列如SEQIDN0:39 ; HPV59 型: 上游引物HPV59-F:核苷酸序列如SEQIDN0:40, 下游引物HPV59-R:核苷酸序列如SEQIDN0:41, Taqman荧光探针HPV59-P:核苷酸序列如SEQIDN0:42 ;HPV66 型: 上游引物HPV66-F:核苷酸序列如SEQIDN0:43, 下游引物HPV66-R:核苷酸序列如SEQIDN0:44, Taqman荧光探针HPV66-P:核苷酸序列如SEQIDN0:45 ;HPV68 型: 上游引物HPV68-F:核苷酸序列如SEQIDN0:46, 下游引物HPV68-R:核苷酸序列如SEQIDN0:47, Taqman荧光探针HPV68-P:核苷酸序列如SEQIDN0:48。

[0013] 荧光PCR技术是基于传统PCR技术并结合光谱技术而发展起来的一种更灵敏,更 特异,更精确的核酸检测技术。用荧光PCR检测人乳头瘤病毒,结果准确,重复性高,能动态 反应患者治疗前、后病原体动态变化及与临床的关系,且整个过程中避免了传统PCR需后 续处理的问题,减少了污染,是用于HPVDNA检测的理想手段。
[0014] 本发明在PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,该探针 为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时,报告基 团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时Taq酶的5' -3'外切酶活性将探针酶切降 解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增 一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。
[0015] 以上每一对扩增引物和探针,都有非常高的特异性,不和其他的病毒例如HPV42 型、HPV43型、HPV53型、HPV73型和HPV83型发生交叉反应,能同时检测出常见的HPV高危 型和低危型,共2种HPV低危型和14种HPV高危型。
[0016] 本发明的引物可全面检测16种型别HPV病毒(6型、11型、16型、18型、31型、33 型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型和68型),同步区分检测HPV低 危型和HPV高危型的检测范围,覆盖全面。
[0017] 作为优选方案,以上所述的16种型别HPV病毒的检测引物和探针,所述荧 光报告基团选自6-羧基焚光素(6-carboxyfluorescein,6_FAM)、六氯-6-甲基焚光 素(Hexachloro-6-methylfluorescein,HEX)、VIC焚光染料、四氯 _6_ 駿基焚光素 (tetrachloro-6-carboxyfluorescein,TET)、駿基-X-罗丹明、6_ 駿基四甲基罗丹明 (6-carboxytetramethylrhodamine,TAMRA)、横酰罗丹明(Sulforhodamine101,Texas Red)、6-羧基-4',5' -二氯-2',7' -二甲氧基荧光素琥珀酰亚胺酯(6-Carboxy-4',5'-die hloro-S',T'-dimethoxyfluorescein,JOE)、花菁3(cyanine3,Cy3)、花菁3. 5(cyanine3. 5, Cy3. 5)、花菁 5 (cyanine5,Cy5)和花菁 5. 5 (cyanine5. 5,Cy5. 5)中的至少一种;所述焚 光淬灭基团选自6-羧基四甲基罗丹明、4- (4-二甲基氨基苯偶氮基)苯甲酸、黑洞淬灭剂1 (BlackHoleQuencher1,BHQ1)、黑洞淬灭剂 2(BlackHoleQuencher2,BHQ2)或黑洞淬 灭剂 3(BlackHoleQuencher3,BHQ3)中的至少一种。
[0018] 更优选地,按照下表1所示来选择荧光报告基团和荧光淬灭基团。
[0019]表1
最优选地,所述荧光报告基团为6-FAM和HEX;所述荧光淬灭基团为BHQl。
[0020] 本发明还提供一种检测16种型别HPV病毒的试剂盒,包括以上任一所述的16种 型别HPV病毒的检测引物和探针。
[0021] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒,还包括PCR反应液,阳性质 控品和阴性质控品,其中阴性质控品为灭菌生理盐水,阳性质控品和弱阳性质控品是以提 纯的16种型别HPV病毒基因组为模板,由本发明提供的16种型别相应的基因扩增引物进 行PCR扩增,16种扩增产物连接,经基因测序确认正确后包装所得的假病毒。其中假病毒包 装为现有常规技术,可以自行包装或者委托生物技术公司进行。
[0022] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒,盒内试剂包括独立包装的 HPV裂解液、PCR反应液、阴性质控品、阳性质控品、弱阳性质控品和以下8组引物探针混合 液: A组:由HPV6型和HPV11型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超纯 水组成; B组:由HPV16型和HPV18型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超 纯水组成; C组:由HPV31型和HPV52型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超 纯水组成; D组:由HPV33型和HPV45型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超纯 水组成; E组:由HPV35型和HPV51型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超 纯水组成; F组:由HPV39型和HPV59型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超 纯水组成; G组:由HPV56型和HPV68型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超 纯水组成; H组:由HPV56型和HPV68型的上游引物、下游引物和Taqman荧光探针溶于无菌超纯 水组成。
[0023] 其中,HPV裂解液为含有无水碳酸钠、Tris-HCl和EDTA的水溶液。
[0024] 由于HPV亚型众多,且亚型之间的基因相似度很高,因此为避免错检,对型别引物 及探针进行了上述组合,可以确保我们设计的每一种引物探针,在这种特定的组合下,不会 产生因相互干扰而引起的非特异性扩增或相互抑制。
[0025] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒中,HPV6型、HPV16型、HPV31 型、HPV35型、HPV39型、HPV45型、HPV58型和HPV68型的Taqman荧光探针核苷酸序列5' 端标记6-FAM,3'端标记BHQl; HPVll型、HPV18 型、HPV33 型、HPV51 型、HPV52 型、HPV56 型、HPV59 型和HPV66 型的Taqman焚光探针核苷酸序列5'端标记HEX;3'端标记BHQl。
[0026] 通过分别标记不同的荧光标记,使得集成在每一管的两种型别引物探针混合液 中,都有一组FAM标记的引物探针和一组HEX标记的引物探针加以区分,检测结果能直观反 映在荧光定量PCR仪上,准确获得待检样品型别特征。
[0027] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒中,阳性质控品中假病毒的 浓度为IXIO5拷贝/mL,弱阳性质控品中假病毒的浓度为IX10 3拷贝/mL。
[0028] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒,各组引物探针混合液 中,上游引物、下游引物和探针的浓度均为l〇yM,上游引物用量0.75yL,下游引物用量 0. 75yL,探针用量0. 5yL,最后用无菌超纯水补足至5. 5yL。
[0029] 作为优选方案,上述检测16种型别HPV病毒的试剂盒的使用方法,待检样品使用 HPV裂解液采用煮沸裂解法提取DNA,分别加入到8组引物探针混合液,再加入PCR反应液, 混匀后进行荧光定量PCR,反应条件为35~38°C条件下反应1~3分钟;93~95°C条件下反应 3~5分钟;然后92~95°C反应10~15秒,55~65°C反应10~45秒,共35~45个循环;荧光信号 收集时设定为FAM和HEX荧光素,荧光信号收集设在60°C; 结果判断: 如果检测通道没有出现S型扩增曲线,判为HPV病毒阴性;如果检测通道出现S型扩增 曲线,Ct值< 36,则对应的HPV型别判定为阳性。
[0030] 本发明与现有技术相
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