1个SNP位点的变异检测结果 准确、可靠。
[0133] 表3SNP检测结果与部分样本全基因组测序结果的一致性
[0134]
[0135]
[0136] 在本说明书的描述中，参考术语"一个实施例"、"一些实施例"、"示例"、"具体示 例"、或"一些示例"等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特 点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不 一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可W在任何 的一个或多个实施例或示例中W合适的方式结合。
[0137] 尽管已经示出和描述了本发明的实施例，本领域的普通技术人员可W理解；在不 脱离本发明的原理和宗旨的情况下可W对送些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本 发明的范围由权利要求及其等同物限定。
【主权项】
1. 一种引物组合物，其特征在于，包含： 第一引物组，所述第一引物组包含第一正向引物和第一反向引物， 其中， 所述第一正向引物由目标区域特异性正向引物和第一核酸序列构成，所述第一核酸序 列位于所述目标区域特异性正向引物的5'端， 所述第一反向引物由目标区域特异性反向引物和第二核酸序列构成，所述第二核酸序 列位于所述目标区域特异性反向引物的5'端， 所述第一核酸序列和所述第二核酸序列均为公共序列，且所述第一核酸序列和所述第 二核酸序列不同； 第二引物组，所述第二引物组包含第二正向引物和第二反向引物， 其中， 所述第二正向引物包含第一核酸序列和第一测序接头，所述第一测序接头位于所述第 一核酸序列的5'端， 所述第二反向引物包含第二核酸序列和第二测序接头，所述第二测序接头位于所述第 二核酸序列的5'端。2. 根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于，所述第二正向引物的第一核酸序 列和第一测序接头之间，和/或所述第二反向引物的第二核酸序列和第二测序接头之间， 进一步包含柄签序列， 任选地，所述标签序列的长度为6-llnt， 任选地，所述目标区域特异性正向引物和所述目标区域特异性反向引物的长度均为 18-25nt, 任选地，所述第一核酸序列为；5'-4〔4押64〔64〔41661'1'口'4〔4-3'（569 10側:1)，所述 第二核酸序列为；5' -TACGGTAGCAGAGACTTGGTCT-3'（沈Q ID N0:2)， 任选地，所述第一测序接头和所述第二测序接头分别为Illumina测序平台的P5测序 接头和P7测序接头， 优选地，在所述标签序列和所述第一测序接头P5之间进一步包含长度为4nt的第H核 酸序列，更优选所述第H核酸序列为；5' -ACAC-3'。3. 根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于，所述第一测序接头和所述第二测 序接头分别为Ion Torrent测序平台的A测序接头和P测序接头。4. 根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于，所述目标区域W及所述目标区域 对应的目标区域特异性正/反向引物序列，如下表所示：5. -种构建待测样品目标区域核酸测序文库的方法，其特征在于，包括： 利用权利要求1-4任一项所述的引物组合物，对待测样品包含目标区域的核酸样本进 行PCR扩增，W便获得扩增产物，所述扩增产物构成所述待测样品目标区域核酸测序文库。6. 根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述第一引物组与所述第二引物组的终 浓度比为1 ;6-10,优选1 ;8， 任选地，按照IOOnl反应体系计算，所述PCR扩增的反应体系包含： IOnl Sng/ y 1 ~20ng/ul 的模板 DNA ; SOnl 2X PCR master mix ； IOnl 4y M的第二正向引物； IOnl 4y M的第二反向引物； IOnl SOOnM第一正向引物； IOnl SOOnM第一反向引物， 任选地，所述PCR扩增的反应程序为：7. -种确定待测样品目标区域核酸序列的方法，其特征在于，包括W下步骤： 根据权利要求5或6所述的方法，构建待测样品的目标区域核酸测序文库； 对所述待测样品的目标区域核酸测序文库进行测序，W便获得测序结果；W及 基于所述测序结果，确定待测样品目标区域核酸的序列， 任选地，当所述第一测序接头和所述第二测序接头分别为Illumina测序平台的P5测 序接头和P7测序接头时，利用Illumina测序平台进行所述测序， 任选地，当所述第一测序接头和所述第二测序接头分别为Ion Torrent测序平台的A 测序接头和P测序接头时，利用Ion Torrent测序平台进行所述测序。8. -种同时确定多个待测样品的目标区域核酸序列的方法，其特征在于，包括W下步 骤： 针对所述多个待测样品中的每一个，分别独立地根据权利要求5或6所述的方法，构建 待测样品的目标区域核酸测序文库，其中，所述第二正向引物的第一核酸序列和第一测序 接头之间，和/或所述第二反向引物的第二核酸序列和第二测序接头之间，进一步包含标 签序列，且所述多个待测样品的标签序列相互不同，所述多个为至少2个； 将所述多个待测样品的目标区域核酸测序文库混合，W便获得混合文库； 对所述混合文库进行测序，W便获得测序结果，所述测序结果包括所述多个待测样品 的目标区域核酸测序文库的序列和所述标签序列；W及 基于所述标签序列对所述多个待测样品的目标区域核酸测序文库的序列进行区分，并 确定所述多个待测样品的每一个的目标区域核酸序列， 任选地，于多孔板中同时对所述多个待测样品进行测序文库构建，其中，所述多孔板中 的每一个孔独立地成为一个反应体系， 任选地，所述多孔板为具有5184个微孔的芯片，所述芯片的每一个微孔的反应体积为 100纳升， 任选地，当利用Illumina测序平台进行所述测序时，所述第一测序接头和所述第二测 序接头分别为Illumina测序平台的P5测序接头和P7测序接头，优选地，在所述标签序列 和所述第一测序接头P5之间进一步包含长度为4nt的第H核酸序列，更优选所述第H核酸 序列为；5' -ACAC-3'， 任选地，当利用Ion Torrent测序平台进行所述测序时，所述第一测序接头和所述第二 测序接头分别为Ion Torrent测序平台的A测序接头和P测序接头。9. 一种确定待测样品目标区域核酸序列的系统，其特征在于，包括： 文库构建装置，所述文库构建装置中设置有权利要求1-4任一项所述的引物组合物， 用于根据权利要求5或6所述的方法，构建待测样品的目标区域核酸测序文库； 第一测序装置，所述第一测序装置与所述文库构建装置相连，用于对所述待测样品的 目标区域核酸测序文库进行测序，W便获得测序结果；W及 第一核酸序列确定装置，所述第一核酸序列确定装置与所述第一测序装置相连，用于 基于所述测序结果，确定待测样品目标区域核酸的序列， 任选地，所述第一测序装置为Illumina测序平台，所述第一测序接头和所述第二测序 接头分别为Illumina测序平台的P5测序接头和P7测序接头， 任选地，所述第一测序装置为Ion Torrent测序平台，所述第一测序接头和所述第二测 序接头分别为Ion Torrent测序平台的A测序接头和P测序接头。10. -种同时确定多个待测样品的目标区域核酸序列的系统，其特征在于，包括： 文库构建及混合装置，所述文库构建及混合装置用于针对所述多个待测样品中的每一 个，分别独立地根据权利要求5或6所述的方法，构建待测样品的目标区域核酸测序文库， 并将所述多个待测样品的目标区域核酸测序文库混合，W便获得混合文库，其中，所述第二 正向引物的第一核酸序列和第一测序接头之间，和/或所述第二反向引物的第二核酸序列 和第二测序接头之间，进一步包含标签序列，所述多个待测样品的标签序列相互不同，所述 多个为至少2个； 第二测序装置，所述第二测序装置与所述文库构建及混合装置相连，用于对所述混合 文库进行测序，W便获得测序结果，其中所述测序结果包括所述多个待测样品的目标区域 核酸测序文库的序列和所述标签序列；W及 第二核酸序列确定装置，所述第二核酸序列确定装置与所述第二测序装置相连，用于 基于所述标签序列对所述多个待测样品的目标区域测序文库的核酸序列进行区分，并确定 所述多个待测样品的每一个的目标区域核酸序列， 任选地，所述文库构建及混合装置中设置有多孔板，W便利用所述多孔板同时对所述 多个待测样品进行测序文库构建，其中，所述多孔板中的每一个孔独立地成为一个反应体 系， 任选地，所述多孔板为具有5184个微孔的芯片，所述芯片的每一个微孔的反应体积为 100纳升， 任选地，所述第二测序装置为Illumina测序平台，所述第一测序接头和所述第二测序 接头分别为Illumina测序平台的P5测序接头和P7测序接头，优选地，在所述标签序列和 所述第一测序接头之间进一步包含长度为4nt的第H核酸序列，更优选所述第H核酸序列 为；5, -ACAC-3，， 任选地，所述第二测序装置为Ion Torrent测序平台，所述第一测序接头和所述第二测 序接头分别为Ion Torrent测序平台的A测序接头和P测序接头。
【专利摘要】本发明提供了引物组合物及其用途，其中该引物组合物包含：第一引物组，所述第一引物组包含第一正向引物和第一反向引物，其中，所述第一正向引物由目标区域特异性正向引物和第一核酸序列构成，所述第一反向引物由目标区域特异性反向引物和第二核酸序列构成；第二引物组，所述第二引物组包含第二正向引物和第二反向引物，其中，所述第二正向引物包含第一核酸序列和第一测序接头，所述第二反向引物包含第二核酸序列和第二测序接头。利用该引物组合物对待测样品的包含目标区域的核酸样本进行PCR扩增，一步即能够实现目标区域核酸的富集，并且，PCR扩增产物直接构成测序文库。
【IPC分类】C40B50/06, C12M1/34, C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105506063
【申请号】CN201410485821
【发明人】王欧, 程小芳, 郭凤婷, 常灿坤, 蒋慧, 章文蔚
【申请人】深圳华大基因科技有限公司
【公开日】2016年4月20日
【申请日】2014年9月22日